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毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)、蓝氏贾第虫(Giardia lamblia)和芽囊原虫(Blastocystis sp.)是三种常见的人兽共患机会性致病肠道原虫,可感染人类和多种动物,感染后往往引起胃肠道疾病,可致宿主自限性腹泻、体重减轻,严重者可导致死亡,对公共卫生健康造成较大的影响。狐狸、水貂和貉作为重要的毛皮经济动物,已成为我国经济类动物养殖业的重要组成部分。但是,关于我国山东省养殖的狐狸、水貂和貉感染这三种重要的肠道原虫的流行率和基因型的报道仍十分有限。因此本研究旨在对山东省部分地区皮毛经济动物这三种常见肠道原虫进行流行病学调查及分子特征鉴定,以对毛皮经济动物肠道原虫病防控提供科学依据。本研究在山东省三个地区共采集了 1050份粪便样品,包括狐狸344份、水貂350份及貉356份,并使用特异性PCR技术结合测序和序列分析的方法对三种肠道原虫进行检测。其中毕氏肠微孢子虫针对内部转录间隔区(ITS)的序列来检测流行率和基因型,再运用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术对所鉴定的ITS阳性样品基于MS1、MS3、MS7三个微卫星位点和MS4一个小卫星位点进行多位点基因分型鉴定;蓝氏贾第虫基于三个基因位点:β-贾第素(bg)、谷氨酸脱氢酶(gdh)和磷酸丙糖异构酶(tpi)进行了巢式PCR扩增;芽囊原虫基于小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)基因进行鉴定。对上述三种肠道原虫所检测到的阳性结果采用统计学方法,对地区、年龄和性别三种因素进行数据分析,评估不同因素之间的统计学差异。采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对所鉴别出的基因序列进行遗传进化分析,评估基因型间的亲缘关系及可能存在的潜在公共卫生风险。研究结果表明,狐狸、水貂和貉毕氏肠微孢子虫总感染率分别为9.0%(31/344)、5.4%(19/350)和 6.5%(23/356),共鉴定出 8 种已知的基因型(Hum-q民、NCF2、HND-1、D、CHG1、EbpC、Peru8 和 Type Ⅳ)和 2 种新发现的基因型(SD1 和 SD2),通过系统进化分析发现,除CHG1属于Group2外,所有的基因型均属于人兽共患组Groupl。狐狸、水貂和貉蓝氏贾第虫的总感染率分别为0.8%(3/344)、0.3%(1/350)和1.7%(6/356),通过序列分析共鉴定3种基因型(集聚体E、集聚体B和集聚体D)。狐狸、水貂和貉芽囊原虫总感染率分别为1.5%(5/344)、0(0/350)和0.3%(1/356),共鉴定出2种基因亚型(ST10和ST14)。本研究首次揭示了山东省养殖狐狸、水貂和貉的毕氏肠微孢子虫、蓝氏贾第虫和芽囊原虫感染率和基因型分布,扩大了这三种肠道原虫病在我国流行的宿主和地理分布,并评估了这三种肠道原虫在毛皮经济动物与人之间传播的可能性。这些结果丰富了我们对毛皮经济动物肠道原虫病流行病学和基因型分布的认识,对预防和控制这三种肠道原虫病提供了科学依据和基础数据。