清代江南军事驻防体系创建于顺治二年(1645),由八旗与绿营驻军共同组成。清初的江南战事频发,局势动荡,驻军数量长期居高不下。康熙中叶之前,江南驻军的营制历经过数次大幅度的调整与变动,军事指挥体系也屡有更易。直至清廷平定三藩之乱及统一台湾后,江南军事驻防体制才基本确立。清代江南驻军分为八旗驻防与绿营两大系统,在屯驻地点、兵力数量、武器配备等方面彼此互异,缺乏统一指挥与调度,给协同作战带来极大阻碍。江宁与京口八旗驻防的兵力数量虽不及绿营,却是清廷维系江南地区统治的核心力量。康熙中叶之后,江南绿营驻军的营制大致趋于稳定。绿营驻军散布于江南各地,其中,江苏绿营的重要性远胜于安徽绿营。江南绿营军对清廷的忠诚度较低,在武器装备与战斗意志等方面都逊于八旗军。江南清军内部等级森严、歧视充斥。清初的京口八旗驻防全系汉军,有别于由满蒙八旗组成的江宁驻防。清廷对汉军八旗的歧视与排斥,直接导致乾隆年间京口汉军“出旗”事件的发生。八旗驻防与绿营之间更是存在着明显的差异与不平等。八旗驻防与绿营并非完全隔绝,二者之间有着一定的人员交流。三藩之乱后的百余年间,江南地区未遇到大规模战事。由于承平日久,江南八旗驻防逐渐失去清初的生机与锐气,而江南绿营军同样陷入战斗力衰退的困境中,二者的军事训练均日渐废弛。清廷虽制定了较为严格的巡防章程,但江南驻军的巡防实际上流于形式,难以达到消除内外隐患、保障安全的预期目的。清代前中期,江南地区的军民关系经历了由紧张向缓和转变的历程。康熙中叶之前,江南局势动荡、战事频发,清廷进行严酷的军事化统治,军队的各类残民、扰民之举并未受到有效约束。清初江南的旗民冲突、满汉冲突十分严重,是当时军民矛盾的主要内容。自康熙中后期起,随着战事的结束及清朝统治秩序的确立,江南地区的军民关系日趋缓和。清廷设定的旗民分离、分治的二元管理模式,并未能完全阻挡旗、民之间的正常交往。驻防旗人与当地汉人之间的隔离状态逐渐被打破,双方以商业贸易、土地租佃为主要形式的日常经济往来甚为频繁。清代中叶,江宁、京口驻防旗人渐染汉俗,“国语骑射”传统也日益衰颓,战斗力持续下降。当局曾试图恢复八旗军的行围制度与骑射训练,但因受限于江南的自然环境,成效甚微。随着旗营人口的不断增长,八旗生计问题日益严重。当局虽采取迁移驻防官兵、增加养育兵数量、出租旗地等多种方式缓解压力,然而,八旗驻防制度固有的弊病并未消除,当局的各项革新措施也未见明显成效,兵丁贫困化的趋势仍难以遏制。嘉、道时期,江宁、京口八旗驻防已逐渐丧失军事镇戍功能,不再具备抵御外患、消弭内乱的能力。