我国2005年公司法第二十条首次将公司人格否认制度以法律条文的形式在我国法律中予以体现,将该制度正式引入我国司法实践。随着对该项制度的逐渐熟悉和理解的不断深入,法院基于该理论所作出的民事裁决越来越多。2007年6月1日,我国正真意义上的破产法开始实行,在破产案件的审理中,司法实践者们遇到了在公司存在无独立人格的情形下如何与破产案件的处理进行衔接的问题。如发现拟进入破产程序的公司可能存在被否定公司人格的情形,是否应当允许其进入破产程序;受理某公司的破产案件后,法院可否直接依职权作出否定公司人格的裁定,还是仅能通过利害关系人提起独立的诉讼程序对公司法人人格予以否认;是应该驳回破产申请,还是应该对公司继续进行清算并要求股东承担相应的责任。因我国破产法实施较晚,且制定的初衷是为了配合清理落后国有企业的经济政策,破产案件的审理基本围绕配合政府处置资产、安置职工而进行,往往忽略了对公司人格是否独立的考量及判断。随着国有企业破产潮的退却,民营公司破产案件的增多,公司经营管理不规范的常态化,该问题才变得逐渐突出起来。为了对此问题进行梳理,找到合理的解决方式,本文通过例举案例,阐明破产案件审理中遇到的涉及否认公司人格的具体情形,结合对公司人格否认制度的理论分析,以及破产制度的理论设计和实践,探讨在企业破产案件审理中对人格否认制度理论的适用。本文在理论研究、实证分析及比较论证的基础上,对在审理破产案件过程中关于自然人股东与公司人格混同,以及关联公司之间人格混同在破产程序中如何处理进行了分析,得出可以部分清算同时不豁免股东或实际控制人清偿义务,以及合并破产的结论,可以为目前此方面的司法实践提供一定的理论参考。