2012年,在国家事业单位的改革意见中,将原有的各事业单位划分为生产经营事业单位、行政事业单位、公益服务事业单位,中国在2020年年底前将完成事业单位的分类改革,因此,当下中国政府对事业单位的分类改革将逐渐进入收尾阶段,也将逐渐进入改革考核阶段。二类公益服务事业单位除了提供非营利性的公益服务,还进行营利性的组织活动,取得一定的经营收入。国外政府单位的内部控制体系已经相对较为完善,有许多值得我国进行参考借鉴的地方,但是中国政府在设置事业单位内部控制体系时,还应考虑是否符合中国国情。因此,政府事业单位内部控制体系应符合中国特色。在当前政府事业单位分类改革的背景下,各个部门未来将具有各自的属性特征。公益二类事业单位作为一种公益与经营参半的部门,其内部控制体系应该具有该部门的显著特征,之前的内部控制制度和评价方法是针对行政事业单位整体来说的,并没有针对分类改革后不同类型的事业单位进行有针对性的制度和评价设计。因此,建立并完善公益二类事业单位的内部控制体系,构建公益二类事业单位内部控制评价指标体系,提出公益二类事业单位内部控制评价方法是当务之急。本文以L单位为例,研究分析了公益二类事业单位的内部控制评价。首先,在查阅相关文献资料的前提下,本文对事业单位、公益二类事业单位、内部控制和内部控制评价进行了概念的界定,并对内部控制的相关理论进行了详细介绍,进行了前期的初步调查后发现我国目前还没有针对公益二类事业单位的内部控制评价体系;为建立公益二类事业单位内部控制评价指标体系,本文在公益二类事业单位内部控制评价指标体系的设计的六大原则上构建了本文所使用的评价指标体系,在单位层面和业务层面的基础上又创新性地引入了重大内部控制缺陷整改指标,本文确定最终的评价指标体系主要通过专家打分法的渠道进行;然后,本文利用层次分析法和专家打分法确定了各级指标的权重,再利用模糊数学的方法构建综合评价模型,包括确定模糊综合评价等级、构造模糊综合评判矩阵、进行模糊综合评价。最后本文以L单位为例,分析了L单位目前存在的内部控制问题,并根据发现的问题有针对性的提出对策建议,并对后续的相关研究提出了展望。本文研究发现,L单位内部控制制度建设及执行方面仍存在较多不足,从业务层面、单位层面及重大内部控制缺陷整改三个方面进行了剖析,发现L单位在风险评估、内部控制信息化、审计监管、决策程序、人才配置等方面仍有较大的改进余地。根据评价结果,本文从提高单位对控制管理环境建设的重视程度、提高管理者的素质水平、提高单位管理者的风险意识、提高单位内部控制的信息化建设以及如何持续改建内部控制等五个方面提出了对策建议,以提高L单位今后内部控制建设制度的完整度,为其他公益二类事业单位加强内部控制提供参考借鉴。