我国烟草商业企业配送中心的绩效管理考评体系日益完备,然而绩效管理的实施效果却始终呈现出模糊不清、表里不一的现象,而对绩效管理制定行之有效的优化策略在大多数企业中还是空白,这使得配送中心的绩效制度在一定程度上形同虚设。针对这种情况,本文对烟草商业企业配送中心单周期与多周期绩效管理决策的制定方法进行了深入研究,将DEA(数据包络分析法)应用到单周期内对配送中心的经济效益和管理效益指标与各作业环节的追溯分析,将系统动力学理念应用到多周期绩效管理决策制定中,为企业制定绩效管理优化策略提供科学可行的数据分析,进而对绩效管理的分析报告与奖惩措施进行了优化改进。首先,本文对烟草商业企业配送中心绩效管理综合决策方案的市场应用前景进行了必要性和可行性的分析。本文以分析与奖惩分离的出发点,根据国家烟草局出台的相关标准,对指标进行分析解构,将可追溯指标模块进行关联,将经济效益和管理效益指标与作业环节指标进行模型构造,为后续的研究奠定基础。而后,本文对烟草商业企业配送中心如何有效的制定考评周期内的分析报告进行了深入研究。本研究对分析报告的制定创新性的设计了单周期横向优化模型,研究中采用基于输入的C2R和C2GS2DEA模型分析辅助,对17个地市烟草商业企业配送中心某个周期内的评价指标进行了分析优化,将经济效益和管理效益指标的优劣势,追溯分析到各个物流作业环节的相关指标,并对指标的进一步实施改进给出确切的目标值,从而将企业周期内的分析报告做的有依可循,实际可行。最后,本文对烟草商业企业配送中心如何制定奖惩措施进行研究。针对奖惩流程的制定,创新性地设计了多周期纵向优化分析模型。研究中应用了系统动力学的理论,针对烟草商业企业配送中心多评价周期的奖惩管理进行流程构造,解析了纵向观测中从宏观表象到微观实际的奖惩思路,为奖惩措施的制定提供了科学有效的管理流程支撑。本研究对烟草商业企业配送中心的分析报告的制定和奖惩策略的流程设计进行了深入研究,为绩效管理实践的有效实现与优化改进提供了科学的实践基础。