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珍珠贝是生产海水珍珠的主要贝类，具有重要的经济价值。一些种类的分类较混乱，分子标记方面的研究也较少。本论文目的：（1）对珠母贝属（Pinctada）的大珠母贝（P．maxima）、珠母贝（P．margarilifera）、黑珠母贝（P．nigra）、白珠母贝（P．albina）、长耳珠母贝（P．chemnitzi）、合浦珠母贝（P．fucata（Gould））和珍珠贝属的企鹅珍珠贝（Pteria penguin）进行RAPD研究，以期为珍珠贝的鉴别提供分子标记；（2）研究AFLP标记在合浦珠母贝家系的遗传特点并构建遗传连锁图谱，为合浦珠母贝的分子标记辅助选育奠定基础。 用10个OPM和11个S系列引物对7种珍珠贝进行RAPD扩增筛选，共筛选出4条引物（SIO，S17，S358，OPM17）。4条引物共扩增出57个位点，每条引物平均产生14.3个位点。扩增片段大小在250—2000bp间，平均每种贝每条引物产生4.9条带。其中引物S10对7种珍珠贝的RAPD产物呈现出物种的特异性，可同时将7种珍珠贝分开，其余引物可以将2种或2种以上的珍珠贝区别开来。这些引物可以作为种间鉴别的标记。 3个合浦珠母贝家系（家系PII：印度贝♀×印度贝（?）；家系PSI：三亚贝♀×印度贝（?）；家系PSS：三亚贝♀×三亚贝（?））的AFLP研究结果为：3对引物共产生57个位点，多态位点比例为93.0—100.0％。3个家系总群体的基因多样性为0.4653，平均基因多样性为0.3997±0.0173。群体内的基因多样性：PII为0.4101，PSI为0.4230，PSS为0.3660。说明不同地理来源的亲本，其子代群体的基因多样性大于同一地理来源亲本所产生的子代群体。群体间的遗传分化较高(GST=0.1410)。表明这些亲本组合产生的F1代群体内和群体间具有较大的遗传差异。3个家系子代间的遗传距离：PII与PSS之间的遗传距离最远（0.1828），PII与PSI之间的遗传距离最近（0.1327）。Minimum Evolution（ME）系统树中各家系的个体分别聚合在一起，然后PII和家系PSI聚为一支，家系PSS单独聚为一支。与子代群体间的遗传距离相符。 在3个家系AFLP分析的基础上，用36对引物对家系PII的亲本及其子一代开展了进一步的AFLP分析。结果为：扩增位点总数1547个，其中1345个位点在F1代分离，202个位点不分离，多态位点比例86.9％。分离位点中，符合孟德尔分离规律的位点780个，占分离位点数的58％。偏孟德尔分离规律的位点565个，占分离