近年来,国际金融组织在公共项目上发挥的作用越来越巨大,在长久实践下发现,利用国际金融组织贷款项目建设,不仅可以缓解地方的财政压力,弥补国内投资不足,且借鉴国外成熟的绩效管理经验对贷款地区公共项目的建设效率和管理水平起到了积极的促进作用。再基于目前习总书记提出的乡村振兴战略摆在优先位置,大力发展“三农”建设的环境下,研究国际农业发展基金贷款项目就具有十分重要的意义,当前国际农发基金贷款项目不像世界银行、亚洲开发银行项目那么广泛,经验没有那么成熟,在项目实施过程中,项目管理不到位、专项资金使用不规范、招投标不规范、甚至贪污腐败等问题逐渐凸显,这些问题严重影响了项目应发挥的作用,降低了贷款的利用率和还本付息偿还能力,也损毁了政府形象,所以对国际农业发展基金贷款项目实施绩效审计非常必要。而我国的绩效审计开展较晚,无论是在理论还是实践方面都处于初步的状态,在评价内容、评价指标和成果落实方面都存在很大欠缺,因此以国际农业发展基金贷款项目绩效审计为研究对象,丰富完善我国的绩效审计理论,进而来指导实际工作显得尤为必要。本文以委托代理理论、可持续发展理论和政府绩效理论为理论基础,结合国内外学者对绩效审计的相关分析研究,借鉴前人的经验和方法,对国际农业发展基金贷款项目的内涵、特点和程序进行了阐述,并以云南农村综合发展项目为例,通过对该案例的具体介绍和绩效审计情况的分析,提出绩效审计过程中存在的不足之处,结合当前国际农发基金项目的普遍情况,发现审计过程中存在对绩效审计认识不足,不够重视;缺乏系统的绩效审计制度和评价标准;审计技术、方式落后;审计成果转化不足等问题。针对这些普遍问题,本文认为应从强化绩效意识、明确绩效审计内容、确立制度标准、提升审计人员能力水平、通过媒体增强成果转化等措施,来优化国际金融组织贷款的绩效审计,使绩效审计发挥更大的价值。