在我国国民经济转型和产业结构升级的重要时期,金融业通过资本的优化配置和资金的有效流动,必然在整个改革过程中发挥重要的历史作用。而作为我国金融业核心产业的商业银行,其发展规模和效率将直接影响整个金融体系乃至国民经济的走向。然而近年来,随着我国利率市场化及金融深化改革的加速推进,商业银行的股改红利和政策红利正在逐渐消失,商业银行面临着复杂的新形势和多变的金融环境。因此对商业银行经营效率的评价,无论是在学术理论上,还是在社会实践中,都具有一定的指导意义。本文在全面阐述商业银行的效率理论和总结国内外基于DEA方法对商业银行效率研究的相关方法和结论后,运用两阶段关联的DEA方法,分资金筹集和资金运营两个阶段对我国13家全国性上市商业银行在2007-2012年的技术效率、纯技术效率和规模效率进行了基于横截面的静态面板分析。并在此基础上,提出了进行效率动态分析的必要性,且通过构建两阶段关联的DEA-Malmquist指数模型对我国商业银行总系统的效率进行了动态的研究评价。并在此基础上有针对性地提出了政策建议。本文得出的主要结论如下：(1)我国商业银行技术效率普遍偏低,且主要是由规模无效造成的；(2)国有四大行的效率普遍低于其他股份制银行；(3)商业银行在资金运营阶段的效率要高于资金筹集阶段的效率水平；(4)技术进步是拉升我国商业银行生产率水平的主要因素；(5)商业银行效率整体处于上升阶段,但受宏观经济和政策影响较大。