随着我国社会主义市场经济的发展，高速公路等公共基础设施建设的投资主体趋向于多元化。BOT+EPC合约模式的引入，一方面能够引进社会资本减轻政府财政负担，另一方面可以充分利用企业的技术和人才优势。目前，BOT+EPC模式在国内得到了一定的推广，但仍在治理结构设计和法律保障等方面存在不足。在这一背景下，探究BOT+EPC合约的治理模式具备一定的理论和现实意义。交易成本经济学对合同人的假设是有限理性和机会主义，因而合约的不完全性将导致交易成本提高，进而降低经济效率。威廉姆森认为，治理结构的设计必须与交易成本的属性相匹配。BOT+EPC模式具有资产专用性高、不确定性大以及交易频率逐渐增强的特点，因而属于经常的、非标准化的交易，与之匹配的治理结构应是双方治理。基于BOT+EPC合约模式的理论研究，本文分析了咸通高速公路项BOT+EPC模式中合约治理存在的问题、原因及其现有应对方案的优劣。针对咸通高速公路项目现有治理结构的弊端，本文认为，应以降低交易成本、实现公平与效率统一、具备可操作性等为总体原则，通过完善双方抵押模型、实现风险共担和建立信任机制来创新BOT+EPC合约治理模式，同时建立健全BOT+EPC模式的法律法规，完善制度保障，以此降低交易成本，提高经济效率。