基于锁式探针的豆类四种重要植物病原细菌快速检测技术研究

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随着我国豆类种子进口量的飞速增长,种子携带检疫性细菌风险日益加大,严重影响我国豆类产业安全生产。本研究拟以豌豆细菌性疫病菌、菜豆晕疫病菌、菜豆普通细菌性疫病菌和菜豆细菌性萎蔫病菌等4种重要植物原细菌作为靶标菌,首次集成创新利用琐式探针和液相悬浮芯片两项技术优势,研究搭建豆类重要植物病原细菌快速高通量核酸检测技术平台,以替代过去对单个细菌进行逐一检测的传统方法,大幅提高检测效率,解决我国豆类种子进境过程种携带的外来有害生物入侵风险管理和预防控制,以及快速通关等难题。本研究主要成果如下:1)首次设计了豌豆细菌性疫病菌、菜豆晕疫病菌、菜豆普通细菌性疫病菌和菜豆细菌性萎蔫病菌等4种重要病原细菌的锁式探针,通过优化连接反应、消化反应、滚环扩增反应体系条件,构建了基于锁式探针的豌豆细菌性疫病菌、菜豆细菌性萎蔫病菌和菜豆疫晕病菌等4种单重滚环扩增检测体系,并评估其特异性和灵敏度。结果表明:4种单重滚环扩增检测方法能够分别特异地检测对应的靶标菌,而其他阴性对照菌株均无法检出,有较高的特异性;其中豌豆细菌性疫病菌、菜豆晕疫病菌和菜豆细菌性萎蔫病菌单重滚环扩增检测灵敏度与常规PCR灵敏度持平,分别为600 fg/μL600fg/μL和4.34pg/μL;而菜豆普通细菌性疫病菌单重滚环扩增灵敏度为38.3fg/μL,比常规PCR灵敏度高出1个数量级。2)首次建立了豌豆细菌性疫病菌、菜豆细菌性萎蔫病菌、菜豆疫晕病菌和菜豆普通细菌性疫病菌等4重滚环扩增方法并结合液相悬浮芯片检测技术,实现了在同一反应体系中同时、快速检测出4种细菌,评估其检测体系的特异性、灵敏度、稳定性。结果表明:该检测体系能够同时特异地检测到4种或其中某几种靶标菌,检测豌豆细菌性疫病菌的DNA和菌悬液灵敏度分别为4.85pg/μL和1.6×104cfu/ml,检测菜豆疫晕病菌的DNA和菌悬液灵敏度分别为874fg/μL和1.5×103cfu/ml,检测菜豆普通细菌性疫病菌DNA和菌悬液灵敏度分别为486fg/μL和2.3×103cfu/ml,检测菜豆细菌性萎蔫病菌的DNA和菌悬液灵敏度分别为1.06pg/gL和1.1×104cfu/ml;组内重复试验变异系数小于7.2%,具有良好的重复性。3)通过系列梯度浓度的纯菌悬液混合健康种子浸泡液检测试验中,常规PCR仅能检测到100倍菌悬液处理液的菜豆普通细菌性疫病菌,而其他稀释倍数的处理以及其他靶标菌的处理液均无法被检测出;而四重液相检测可以在一个反应内同时检出100、101倍菌悬液处理液中的豌豆细菌性疫病菌、菜豆细菌性萎蔫病菌、菜豆疫晕病菌、菜豆普通细菌性疫病菌,在102倍菌悬液处理液中检测到菜豆细菌性萎蔫病菌和菜豆普通细菌性疫病菌,结果表明该四重检测体系比常规PCR更适合实际带菌种子检测,且检测灵敏度和效率更高。
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