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本论文以从广东连山、广东中山、广东廉江、广西北海、贵州从江、福建厦门、云南建水、云南个旧等地采集的表现典型症状的柑桔黄龙病病株为材料，对其抽提柑桔叶脉总DNA，利用柑桔黄龙病病原特异引物01I／012c和A2／J5两对引物，对柑桔黄龙病病原的16SrDNA和β-操纵子部分DNA序列进行PCR扩增，将PCR产物回收、纯化并与pMDl8-T载体连接转化至大肠肝菌(Escherichiacoli)DH5Q菌株，通过筛选得到阳性克隆重组质粒，并对该重组质粒进行DNA序列测定。测序结果在国际互联网(http：／／www．ncbi．clm．nih．gov)网站上利用BLAST对所克隆的各地区柑桔黄龙病病原16SrDNA和B．操纵子部分DNA序列分别进行同源性分析。利用BioEdit软件进行SNPs(singlenucleotidepolymorphisms)分析。另外，还将所获得的8个地区的柑桔黄龙病病原的16SrDNA部分的序列与其它alpha-proteobacteda菌株的16SrDNA序列用MEGA软件进行聚类分析，同时也将所获得的5个地区的柑桔黄龙病病原B．操纵子部分的DNA序列进行了聚类分析。结果如下：
用BLAST对所获得的8个地区的柑桔黄龙病病原的16SrDNA作同源性分析，结果为所获得的8个序列与Genebank中登陆的57条序列有较高的同源性，与柑桔黄龙病病原亚洲种(L22532)的同源性为96．9％一100．0％，与非洲种(L22533)的同源性为95．4％-97．4％，与美洲种(AY742824)的同源性为92．5％-94．5％，与alpha-proteobacteria的菌株的同源性为87％左右。对所获得的序列利用BioEdit软件进行SNPs分析，其结果为所获得的8个序列与基因库中登陆的柑桔黄龙病病原亚洲种(L22532)的突变位点有13处，与非洲种(L22533)的突变位点有30处，与美洲种(AY742824)的突变位点有60处，然而所获得的序列间只有7处碱基的变异，利用primer软件在变异的碱基处也未发现有不同的酶切位点。这一结果证明了16SrDNA进化缓慢这一观点。对所克隆的序列与其它alpha-proteobacteda的菌株利用邻近法(Neighbour-Joiningmethod)和最大简约法(MaximumParsimonymethod)两种方法作聚类分析，得到遗传树状图。从树状图可以看出，这20个菌株被分为三个大类群，其中柑桔黄龙病病原为一个类群，靴带支持率为100％。其它菌株除大肠杆菌(E．coli)外为一个类群，E．coli为系统发育树的树根，这一结果证明了柑桔黄龙病病原属于alpha-proteobacteda。从树状图可以看出，所获得的柑桔黄龙病病原与基因库中登陆的柑桔黄龙病病原亚洲种为一个群，与非洲种和美洲种为姐妹群，靴带支持率分别为99％和100％。以上结果表明所获得的8个地区的柑桔黄龙病病原具有相同的起源，均属于亚洲种。但从这部分基因的分析结果来看，在亚洲种内还可能存在亚种，需要一个群体分析才能证实。
在国际互联网(http：／／www．ncbi．clm．nih,gov)网站上利用BLAST对所获得的5个地区的柑桔黄龙病病原β-操纵子部分DNA序列进行同源性分析表明：所获得的5个序列与基因库中登陆的柑桔黄龙病病原亚洲种的同源性均为99．6％以上，与非洲种的同源性只有80％左右。对所获得的序列利用Bioedit软件进行SNPs分析，其结果为所获得的5个序列及基因库中登陆的柑桔黄龙病病原亚洲种(M94319)之间基本没有突变位点，与非洲种(LAU09675)的突变位点有142处，此结果显示了β-操纵子部分基因的特点。对所克隆的序列与基因库中登陆的柑桔黄龙病病原亚洲种(M94319)和非洲种(LAU09675)，利用邻近法作聚类分析，得到遗传树状图。从图上可见所获得的5个序列与基因库中的柑桔黄龙病病原亚洲种为一个类群，与非洲种为姐妹群。从这段基因的分析结果，同样况明所获得的5个柑桔黄龙病病原具有相同的起源，属于亚洲种。
本文对我国不同地区柑桔黄龙病病原16SrDNA和B一操纵子两部分基因片段进行了克隆和分析，其结果具有很高的可靠性，所克隆的基因片段丰富了柑桔黄龙病病原DNA研究的内容，并为柑桔黄龙病病原在分类上基因的选择提供了依据。