LAMP与SYBR GREEN I实时荧光定量PCR方法检测酸奶中葡糖杆菌的研究

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葡糖杆菌属(Gluconobacter)作为醋酸菌科的三大重要菌属之一,是一种广泛存在于自然界中的非致病性的革兰氏阴性杆菌。葡糖杆菌属在食品药品工业生产行业中有巨大的应用价值,尤其是在维生素C的合成、合成纤维素及米格列醇等应用方面成为科研领域的焦点。虽然葡糖杆菌属的应用能为企业带来可观的经济效益,但是酸奶生产中葡糖杆菌属的存在也会为企业带来巨大的经济损失。近年来很多报道证实,醋酸菌污染酸奶导致乳制品变色、过酸化等不良反应,成为酸奶生产企业的一大难题。因此,建立一种及时有效的检测生产过程中的醋酸菌污染具有重要的意义。环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)和SYBR GREENⅠ实时荧光定量PCR技术(Real-time fluorescence quantitative PCR)这两种体外核酸扩增技术近年来得到快速发展,被同时应用于本研究中来检测葡糖杆菌属。本研究在GenBank中选取葡糖杆菌的16S rRNA X73820序列,BLAST在线验证序列特异性,然后进行LAMP引物设计,结合引物分析软件和实验最终筛选出一组引物;两条外引物F3、B3被应用于SYBR GREENⅠ实时荧光定量PCR的扩增。本研究建立的葡糖杆菌LAMP检测体系为:2.0 mmol/L MgCl2,5.0 mmol/L dNTPs,FIP和BIP各1.4μmol/L,F3和B3各0.2μmol/L,1.0μL的Bst DNA聚合酶大片段,10×Bst DNA聚合酶反应缓冲液(20 mmol/L Tris-HCl(pH 8.8),10 mmol/L KCl,10 mmol/L(NH4)2SO4,2 mmol/L MgCl2,0.1%Triton X-100),2.0μL DNA模板,用灭菌蒸馏水补足25.0μL体系。61℃保温40 min后80℃保温5 min终止反应。通过三种产物检测方法(离心沉淀法、凝胶电泳法、SYBR GREENⅠ染料分析法)的比较,最终认为染料分析法可直观灵敏的检测LAMP扩增产物。对这两种方法用包括葡糖杆菌在内的21株菌株进行特异性实验,结果表明,两种方法都能检测出3株葡糖杆菌,剩余的18种非葡糖杆菌检测结果为阴性。用SYBR GREENⅠq RT-PCR方法定量检测葡糖杆菌的标准曲线为Y=-3.411X+36.034,相关系数R2=0.9968。LAMP和qRT-PCR检测葡糖杆菌培养液的灵敏度都能达到75CFU/mL,而检测人工污染样品的检出限结果分别为210 CFU/mL和21 CFU/mL,两种方法都能成功的检出模拟样品中的葡糖杆菌。结果表明,LAMP和qRT-PCR两种方法检测葡糖杆菌特异性强,灵敏度高,这两种技术均可应用于酸乳企业葡糖杆菌的快速检验。
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