动物基因组学的发展产生了一大批有价值的数据，EST是其中的重要组成部分。利用生物信息学的原理和方法发掘这些海量数据中蕴藏的信息，已成为当前基因组学研究的一个重要组成部分。
　　为了从表达序列标签中筛选微卫星标记，本研究利用生物信息学的方法，使用SSRIT(在线)和SSRFinder(未公开的)软件分别对绵羊和牛UniGene数据库的4081个和41986个簇进行了微卫星序列的筛选。标准是：二碱基重复基元最少重复7次以上；三碱基重复基元最少重复6次以上；四碱基重复基元最少重复5次以上；五碱基重复基元最少重复4次以上；六碱基重复基元最少重复3次以上。单碱基重复基无没有选择，因为一般它们不被认为是有用的多态标记。所搜索的微卫星序列均为完全形式的重复序列。结果表明：绵羊搜索到微卫星136个，分布于121个序列中，出现的频率为3.0%,平均间隔距离为每22.47kb出现1个SSR；牛搜索到微卫星1831个，分布于1666个序列中，出现的频率为4.0%,平均间隔距离为每19.89kb出现1个SSR。在牛微卫星序列中，双核苷酸重复类型占的比例最大，为54%；三核苷酸重复类型位居其二，为22%；四核苷酸重复类型占的比例最小，为13%。而在绵羊的微卫星序列中，三核苷酸重复类型占的比例最大，为40%；双核苷酸重复序列位居其二，为34%；四核苷酸重复类型占的比例最小，为2%。
　　在牛和绵羊的二核苷酸重复类型中，AC/TG是最丰富的类型，TA/AT位居第二，而GC/CG是最少的类型。在三核苷酸重复类型中，在牛上，AGC是最丰富的类型；CGG位居第二；CTG位居第三。在绵羊上，CTG是最丰富的类型,CGG位居第二，AGG位居第三。
　　对筛选出的牛和绵羊的EST-SSRs序列，在GenBank数据库进行BLASTX比对分析，用E值(1e-5)这个参数来推测功能。结果对1666条牛EST-SSRs序列进行BLAST比对，共有698条序列在蛋白质水平上具有同源的产物；对121条绵羊EST-SSR序列进行BLSAT比对，结果共有45条EST序列在蛋白质水平上具有同源的产物。
　　在筛选的绵羊微卫星序列中，用PrimerPremier(版本为5.00)软件设计并合成了54个引物对。在31对扩增出产物的引物中，经过PCR扩增，聚丙烯酰胺凝胶电泳和硝酸银染色，最终共筛选出3个引物对呈现多态。在绵羊200多个样本的3个微卫星位点上，等位基因的数目分别为5、11、17，等位基因的大小分布在170-301之间，基本符合引物设计时的理论产物长度。这些微卫星位点的期望杂合度的范围从0.771-0.841，表明他们有较高的杂合度。3个微卫星位点的PIC值从0.731-0.821，指出这些微卫星位点在绵羊中均具有较高的信息含量，适合进行各种遗传学分析。