技术创新是推动社会经济发展的不竭动力。高新技术开发区作为技术创新主体在转变经济发展方式、调整产业结构的过程中起到至关重要的作用。发展高新技术产业,加强产业技术创新,是推进创新型国家建设的重要进程。在经济全球化与一体化的背景下,我国高新技术开发区的发展呈逐步上升的趋势。但技术创新不足是目前制约高新技术开发区发展的瓶颈之一。因此,有必要对我国高新技术开发区技术创新效率进行评价。本文以高新技术开发区为研究对象,基于技术创新效率视角,选取数据包络分析(DEA)方法,利用1995年至2011年全国高新技术开发区的投入产出数据,对全国、三大地带及各行政区域的技术创新效率进行评价。根据效率前沿面标准,进行技术创新效率改进分析。同时,采用Tobit模型分析全国和三大地带技术创新效率的影响因素。技术创新效率分析结果表明：我国高新技术开发区技术创新效率整体偏低,各行政区域以及三大地带效率存在差异。高新技术开发区技术创新资源存在投入冗余,资源浪费现象。Tobit模型的分析结果表明：全国以及三大地带的影响因素各异。劳动者素质、市场环境、产业绩效、金融支持对全国技术创新效率有显著影响。产业结构、企业规模、产业绩效、金融支持对东部地区有显著正向影响。劳动者素质、产业机构、政府支持对中部地区影响显著。西部地区的影响因素包括劳动者素质、产业绩效、金融支持。针对研究结果,在借鉴国外发展经验和教训的基础上,文章提出了以下对策：优化资源配置,提高资源利用效率；加大教育投入,完善人才培养机制；扩大投资渠道,健全风险投资制度；完善市场制度,激发技术创新动力；强化政府引导,提高政策扶持力度。