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龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)是江蓠属(Gracilaria)的重要物种。作为主要的产琼胶海藻,龙须菜不仅具有重要的理论研究价值还具有重要的经济价值,然而龙须菜的分子育种体系相对落后。本文直接从龙须菜基因组中分离微卫星,以应用于不同地理群体和不同生化特性的龙须菜的遗传多样性研究,希望为后续的龙须菜微卫星的研究提供资料,并为利用微卫星标记进行龙须菜的遗传多样性分析、构建遗传连锁图谱、进行辅助育种以及种质鉴定,基因定位、QTL定位等奠定基础。另外本文采用AFLP分子标记技术对龙须菜的遗传多样性进行了研究。以野生龙须菜为材料,采用两种富集方法构建富集文库从龙须菜基因组中直接分离微卫星。一种是小膜杂交的方法构建富集文库,使用了(GA)20和(CA)20两种探针筛选含有(GA)n和(CA)n的微卫星DNA,并分别采用了菌落原位杂交和PCR检测两种方法来筛选含有微卫星DNA的阳性克隆。共筛选出24个含有微卫星DNA的阳性克隆,测序结果显示在这24个克隆中共有77个微卫星位点。另一种是采用磁珠法构建龙须菜微卫星富集文库,使用PCR方法筛选阳性克隆,共筛选出51个单一的阳性克隆,测序结果显示在这51个克隆中共有82个微卫星位点。利用分离出的微卫星DNA,共设计了37对微卫星引物,其中16对能够扩增出单一的目的条带,利用这16对引物对来自青岛湛山湾、青岛汇泉湾、青岛台湾路和威海石岛4个不同地理位置的群体共40个个体进行遗传多样性研究,结果表明这16对引物均没有检测到多态性。另外还利用其中4对引物对30个不同琼胶含量的龙须菜样品进行了多态性分析,也没有检测到多样性条带。本文还对开发出的微卫星引物进行了近缘物种间通用性的研究,结果显示这16对微卫星引物有12对可以在龙须菜养殖品种981中使用,有1对可以在扁江蓠和真江蓠中获得目的条带。采用AFLP标记技术选用EcoRⅠ和MseⅠ对基因组DNA进行酶切,并从16对引物组合中筛选出8对引物,对4个不同地理群体40个个体的龙须菜样品进行遗传多样性分析,共扩增出347个位点,8对AFLP引物在龙须菜的40个样品中,多态性比率为51%,而各群体内的多态性位点比例为8.6%～17.0%之间。各群体的有效等位基因数(Ne)在1.0477-1.1130之间,总的有效等位基因数达到1.3779;各群体内的基因多样性指数H在0.0292-0.0715之间;Shannon指数I,分布在0.0457-0.1151之间;各群体的遗传相似系数较大在0.6797-0.9388之间,遗传距离在0.0632-0.3861之间。这些结果表明龙须菜野生群体的遗传多样性差,各群体间的遗传距离和亲缘关系近,种质资源匮乏。这种很近的亲缘关系也是导致微卫星引物没有检测到不同地理群体间龙须菜多样性的原因。