结肠癌N6-甲基腺苷(m6A)相关lncRNA的预后预测模型的构建

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背景结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是全球第三大常见恶性肿瘤,也是我国主要的恶性肿瘤死因。其发病率呈现年轻化趋势,发病机制复杂,涉及遗传学、表观遗传学以及肿瘤微环境等多个因素的调控。面临复杂的形成机制,寻找新的结肠癌预后标志物及治疗靶点具有重要的临床意义。N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)是一种新的表观遗传修饰方式,m6A修饰几乎影响mRNA代谢的每个步骤,包括mRNA的稳定性、RNA折叠、剪接加工、翻译及其他RNA修饰等。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是指一类转录本长度大于200个核苷酸但不具有蛋白质编码功能的长链RNA分子,在染色体修饰、转录激活及沉默、核内运输、表观遗传等多种层面上调控相关基因的表达,广泛参与机体的病理生理过程。然而,m6A调控因子在癌症中lncRNA失调过程中所起的作用尚不十分明晰,对于m6A修饰如何促进lncRNA依赖性结肠癌的发生和发展机制的研究也十分有限。因此,研究m6A相关lncRNA的异常表达可能对结肠癌患者具有预后价值,了解lncRNA的m6A修饰如何参与结肠癌的发生,有助于确定新的治疗靶点及生物标志物。本课题探索了 m6A相关lncRNA在结肠癌中的表达情况及预后预测价值,并研究了其与结肠癌患者临床特征、肿瘤免疫微环境的关系。方法首先从TCGA数据库中下载CRC样本的RNA测序数据及相关临床信息。接着提取m6A相关的lncRNA表达量,通过共表达分析方法构建m6A相关的lncRNA共表达网络。使用单因素Cox分析得到预后相关的m6A lncRNA。然后使用一致性聚类分析判定肿瘤组织中23种m6A甲基化调节因子的lncRNA表达是否可以将肿瘤进行分型。K-M生存曲线评估肿瘤分型与预后的关系,并分析肿瘤分型与临床特征的相关性及免疫检查抑制点抑制剂相关基因在不同分型中的表达情况。为分析分型与免疫细胞浸润关系,应用“estimate”R包计算基质细胞和免疫细胞的比例,推导每例患者的肿瘤纯度,从而检测各组间基质和免疫细胞的比例。运用“CIBERSORT”算法探讨各组浸润性免疫细胞的组成,GSEA方法量化肿瘤免疫浸润的程度。通过Lasso Cox回归分析构建m6A lncRNA的风险预测模型。采用随机化分组将所有样本分为训练集和验证集。然后分别计算各组的风险得分,根据风险得分的中位数将所有样本分为高风险组和低风险组。分别构建训练集和验证集两组患者的K-M生存曲线和ROC曲线评估模型的稳健性。接着进行独立预后分析,并验证该模型在各亚组之间的适用性。通过ssGESA法评估肿瘤免疫浸润程度。最后,通过绘制列线图估计TCGA队列中结肠癌患者的生存概率。结果本研究发现m6A相关lncRNA在结肠癌肿瘤组织及癌旁组织间存在差异。单因素Cox回归分析及Lasso Cox回归分析最终筛选到8个m6A相关lncRNA用于结肠癌预后模型的构建。独立预后分析结果表明风险得分是总生存率的独立预后因素(p<0.001)。多ROC曲线分析验证了该风险模型能够较好地预测患者预后。8个m6A相关的lncRNA构建的风险模型具有很好的预测结肠癌预后,与临床特征密切相关,且是患者总生存率的独立危险因素。并且在富集分析中,免疫相关通路显著富集。结论结肠癌m6A相关lncRNA表达特征与临床病理特征相关,本研究建立了一种新的m6A相关lncRNA的结肠癌预后模型,该模型能够很好地用于结肠癌患者总生存率的预测。m6A相关lncRNA可能是一种很有前途的结肠癌治疗靶点及生物标志物。
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