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[目的]以慢性HBV感染者和健康人群为研究对象,对其线粒体DNA控制区进行扩增、测序并获取线粒体DNA遗传变异信息和线粒体DNA单倍型类群；分析研究组间线粒体DNA变异位点和单倍型类群的分布情况,甄别与HBV慢性感染相关的变异位点和单倍型类群；结合临床数据,揭示候选线粒体DNA变异和单倍型类群与慢性HBV感染临床表现的相关性。[方法]提取来自云南的117例慢性HBV感染者及130例健康对照者外周血基因组DNA,对线粒体DNA的控制区进行PCR扩增及DNA测序；以修订后的剑桥参考序列(revised Cambridge Refrence Sequence; rCRS)为标准比对序列,获取所有个体线粒体DNA控制区突变位点；参照已有的世界人群线粒体DNA系统发育关系树进行单倍型类群划分；对慢性HBV感染者和健康人群线粒体DNA控制区突变和单倍型类群的频率进行统计,识别差异显著的母系遗传组份；并结合患者临床相关信息,统计分析线粒体DNA控制区突变和单倍型类群的频率与临床数据的相关性。[结果]1)线粒体DNA D-loop区研究结果：通过对来自云南汉族的117例HBV慢性感染者和130例健康人群外周血线粒体DNA测序并与修订后的剑桥参考序列比对,获得247份线粒体DNA控制区全长1124bp测序序列,病例组共计152个多态性变异位点,变异率13.52%,高频突变为47个位点(30.72%)；对照组共计163个多态性位点,变异率14.50%,高频突变为52个位点(31.90%)。通过对247条序列进行单倍型类群划分,成功划分单倍型类群者244条(病例组114例,3例未成功进行单倍型类群归类,对照组130例),共得到21个单倍型类群,分别为M、M*、M7、M8、C、Z、M9、G、D、N9、Y、A、R、R*、R9、F、 B、B4、B5、K、L3*。结合前人的数据进行主成分分析,结果显示我们的HBV感染患者和健康人群均来自云南地区的汉族人群。2)对病例组与对照组突变位点分布的分析显示2个多态性位点(m.523-524AC/del、m.16183A>C)在慢性HBV感染人群与健康人群中存在显著差异(P<0.05,0<OR<1)。慢性HBV感染者携带m.523-524AC/del突变频率(27.35%)显著低于对照组(43.85%)。慢性HBV感染者携带m.16183A>C突变频率(11.97%)显著低于对照组(26.15%)。3)携带突变 m.489T>C、m.16189T>C、m.16223C>T、m.16519T>CHBV感染人群ALT、AST水平高于健康人群,其中携带m.16223C>T、m.16519T>C位点突变的TP水平在两组人群中存在差异。4) HBeAg阳性感染者的mtDNA489T>C突变频率(65.71%)显著高于HBeAg阴性感染者(39.02%),P=0.008, OR=2.995,95%CI (1.31-6.85).5) HBeAg阳性感染者的m.523-524AC/del突变频率(11.43%)显著低于HBeAg阴性感染者(31.15%),P=0.012, OR=1.026,95%CI (0.23-2.35).6)线粒体DNA单倍型类群在慢性HBV感染者和健康人群中的分布没有差异,在HBeAg阳性和HBeAg阴性慢性HBV感染者中的分布未见差异。[结论]1)线粒体DNA多态性位点m.16183 A>C和 m.523-524AC/del在健康人群中的频率显著高于慢性HBV感染者,这两个位点变异可能为云南汉族慢性HBV感染潜在的保护因素,也可能未携带这两个位点变异使患者对HBV易感。2)HBeAg阳性慢性HBV感染者m.489T>C突变频率显著高于HBeAg阴性慢性HBV感染者,m.489T>C位点可能是部分云南汉族患者HBeAg持续阳性的危险因素。3)HBeAg阳性慢性HBV感染者m.523-524AC/del突变频率低于HBeAg阴性慢性HBV感染者,m.523-524AC/del变异可能与HBeAg消失或血清学转换相关。4)线粒体DNA突变位点与慢性HBV感染的易感性或抗病性需要扩大样本量验证。