本研究以我国各地种植、分属5个变种的34份辣椒品种为试材，利用RAPD技术和UPGMA聚类分析法对这些辣椒种质资源的遗传多样性进行分析，探讨了辣椒种内各变种划分及相互的亲缘关系，讨论了RAPD技术应用于辣椒品种鉴定的可行性，为辣椒的分类研究及育种工作奠定了理论基础。研究结果如下： 用CTAB法提取辣椒DNA，质量可达到RAPD反应要求，且操作简便易行。本研究优化了辣椒的RAPD反应条件，提出了反应体系中各成分的最适用量以及RAPD反应的最佳参数，获得了重复性好、可稳定扩增的RAPD谱带。 利用两个品种从152个随机引物中筛选出22个用于RAPD分析。34个品种共扩增出123条带，平均每个引物5.6条，其中68条(占55.3％)具多态性，平均每个引物扩增出3.1条具多态性谱带。 利用3种方法(Nei方法、Jaccard方法、欧氏距离法)计算各品种间的遗传距离，34个品种间根据3种方法计算的遗传距离范围分别为：Nei方法为0.079-0.477，平均0.289；Jaccard方法为0.146-0.659，平均0.442；欧氏距离法为0.090-0.478，平均0.299。根据这3种遗传距离矩阵进行UPGMA聚类分析，3种结果都表明：依照Bailey分类系统属于同一变种的辣椒品种聚在一起，但樱桃椒与簇生椒2变种之间的遗传距离较近，与其它变种内品种间遗传距离相近，因此，更符合IBPGR所提出的4个变种的划分方法。 关于变种间的亲缘关系，目前有两种观点，一种认为辛辣类型之间的亲缘关系较近，它们与甜椒类型的亲缘关系较远，另一种则认为辛辣类型中有部分与甜椒的亲缘关系较近。本研究中，Nei方法与Jaccard方法的结果相同，均表明圆锥椒与灯笼椒的亲缘关系较近，与后一种观点相同；而欧氏距离法的结果则认为圆锥椒与樱桃椒及簇生椒的亲缘关系较近，灯笼椒与其它4个变种的亲缘关系较远，支持前一种观点。 聚类分析还表明，栽培较广泛的长椒和灯笼椒的遗传背景也较为复杂，人工栽培及育种活动在物种发展过程中起到了重要作用，而在这些人工驯化程度较高的物种中地理及环境的影响已不再显著。研究表明，RAPD作为有效的遗传标记，可以分析辣椒的遗传多样性，并研究其种内的分类问题。 对所采用的3种遗传距离进行了比较，根据这3种遗传距离进行的变种的划分是一致的，但欧氏距离法所得的变种之间的关系远近与其它2种不同，Nei方法与Jaccard方法较为类似，仅是变种内品种间的亲缘关系结果不同。造成3种遗传距离差异的原因在于其计算方法中对于2品种间某一条带均无扩增或均有扩增的情况处理方式不同。 探讨了利用RAPD方法鉴定辣椒品种的可行性。虽然没有一条引物可以区分开一 Z有其特征谱带，研究认为利用RAPD标记进行辣椒的品种鉴定是可行的，可通过进一步的工作找到各品种的特征图谱。