喉鳞状细胞癌组织中与颈淋巴结转移相关microRNA的筛查及生物信息学分析

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目的 通过分析喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)及其转移性颈淋巴结组织中microRNA表达谱的变化,探讨特异性表达microRNAs在LSCC颈淋巴结转移中的潜在调控机制和临床意义。方法 1.收集有颈淋巴结转移的喉鳞状细胞癌患者(n=2)及无颈淋巴结转移的喉鳞状细胞癌患者(n=1)的喉癌组织标本、癌旁正常组织标本及淋巴结组织标本。分别提取喉癌组织、癌旁正常组织和淋巴结组织总RNA,并进行质检。2.通过microRNA基因芯片(Agilent HumanmiRNA microarray)分析喉癌组织、癌旁正常组织及淋巴结组织中的microRNA表达谱,利用生物信息学技术筛选出喉癌组织(对照组:癌旁正常组织)、伴颈淋巴结转移的喉癌组织(对照组:无颈淋巴结转移的喉癌组织)及淋巴结转移阳性的淋巴结组织(对照组:淋巴结转移阴性的淋巴结组织)中显著差异表达的microRNAs。Fold changevalue>2;P<0.05。3.应用DAVID软件对筛选出的差异表达的microRNAs进行生物信息学分析(GO分析和KEGG分析)。结果 1.microRNA基因芯片分析显示,喉癌组织(对照组:癌旁正常组织)中共筛选出24个差异2倍以上的microRNAs(其中21个上调和3个下调);伴颈淋巴结转移的喉癌组织中(对照组:无颈淋巴结转移的喉癌组织)共筛选出63个差异2倍以上的microRNAs(其中33个上调和30个下调);转移性颈淋巴结组织(对照组:淋巴结转移阴性的淋巴结组织)共筛选出94个差异2倍以上的microRNAs(其中56个上调和38个下调)。2.基于GO和KEGG功能富集分析结果,构建了特异性的microRNA、相关候选靶基因、GO及KEGG之间的关系。LSCC组织中显著差异表达的miR-9a-3p、miR-7-5p;伴颈淋巴结转移的LSCC组织中显著差异表达的miR-6847-5p、miR-182-5p;转移性颈淋巴结组织中显著差异表达的miR-6847-5p、miR-214-3p,与转录调控等生物学过程相关,并调控Wnt、mTOR等多个细胞信号通路中的靶基因。结论 1.microRNA可能在LSCC发生的过程中起着重要的作用,在基因转录后水平起着潜在的调控作用。2.microRNA可能在LSCC颈淋巴结转移的过程中起着重要的作用,特异性的microRNA可能决定了 LSCC肿瘤细胞的转移能力,同时也可能表明LSCC中存在着转移能力不同的肿瘤细胞亚群。
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