生态环境损害赔偿制度于2016年正式进入试点省份进行实践,这标志着我国生态文明体制改革迈向重要一步。贵州省在2017年首次创新性的将司法确认制度运用于生态环境损害赔偿协议后,同年8月《生态环境损害赔偿制度改革方案》正式将赔偿协议司法确认制度写入其中。经过五年的发展,在各省实践下产生了许多案例。但由于赔偿协议司法确认制度发展时间尚短、制度规定不完善,在实践中产生了许多问题。本文共分为四个部分。第一部分,介绍了赔偿协议司法确认制度的概念、特征与实践现状。第二部分,从中国裁判文书网上搜集到相关国内案例共63个,分别从管辖法院、审查期限、审查形式等7个角度进行分析。继而归纳出目前我国赔偿协议司法确认制度现存的问题,包括:第一,赔偿协议的性质存在争议;第二,赔偿协议司法确认的具体规则不明确;第三,赔偿协议司法确认中当事人及案外人的救济不健全;第四,赔偿协议司法确认是否具有既判力不明晰。第三部分,对于赔偿协议司法确认程序的性质进行厘定。明确了其具有非诉特征,并指出在对赔偿协议司法确认制度进行构建时需要引入诉讼法理,交叉适用“二元分离适用论”。第四部分,对于赔偿协议司法确认制度进行完善。包括:设立特殊的规则,如:确定管辖法院、明确审查标准、划定审查规则等;构建赔偿协议司法确认的制度保障,包括当事人及案外人的救济机制、监督机制和责任追究机制;建立与行政责任、刑事责任、民事公益诉讼的衔接机制。