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转录因子结合位点是重要的基因调控元件，转录因子结合位点的预测和识别是理解基因调控网络的关键。 针对转录因子结合位点位置频率矩阵的相似性度量函数和聚类问题，本论文的主要工作如下： 1.针对相似性度量函数的问题，本论文通过对JASPAR数据库中的转录因子位置频率矩阵构造相应的噪声矩阵来模仿生物数据中的噪声。采用各种相似性度量函数对噪声位置频率矩阵和原位置频率矩阵进行相似性比较。评测各种相似性度量函数识别出原位置频率矩阵和对应的噪声位置频率矩阵的能力，并提出了MED计算公式。通过实验结果的分析，说明本文提出的MED公式是有效的。 2.针对位置频率矩阵聚类问题，提出了MUPGMA聚类算法和基于矩阵构造共有序列算法。对JASPAR和TRANSFAC数据库进行了MUPGMA聚类，采用各种相似性度量函数计算数据对象之间的相似性，按照不同的邻近性计算类之间的相似性。通过对实验结果的分析，说明了MUPGMA算法和构造共有序列方法的有效可行性，还比较了各种相似性度量函数以及不同的类邻近性的效果。