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玉米粗缩病是由玉米粗缩病病毒引起的一种世界性病害,也是我国黄淮海玉米产区的重要病害之一。感病植株显著矮化、不抽雄、雌穗不结实或籽粒少、产量严重损失甚至绝收。开展玉米粗缩病抗性遗传研究,选育抗病品种,是防治此病的经济有效途径之一。然而,现有种质资源中抗性材料较少。因此,寻找抗玉米粗缩病种质资源,探索其抗性遗传规律,发掘优异抗病等位基因,为玉米抗病分子育种实践提供基础。本论文就玉米粗缩病抗源鉴定、功能标记开发、QTL分析及候选基因功能分析做了相关研究,主要结果如下：1.采用网箱集团接种结合移栽的方法对200份国内外玉米自交系进行粗缩病抗性鉴定。结果表明,抗源较少,仅占鉴定材料的10%。筛选出的抗源有沈137、多黄29、金黄96B、中自01、海9-21、P138、CA339、齐319、丹3130、9046、835、黄野四、齐318、R18、SH15、CA335、X178、辽68、金黄59等,为玉米粗缩病抗性遗传研究以及抗病育种提供了材料基础。2.利用抗病自交系(沈137、多黄29、中自01、P138、CA339、齐319、丹3130、齐318、CA335、X178)和感病自交系(掖107、掖478、吉4112、803、K22、鲁原92、掖3189、辽5114、U8112、B73)分别构建抗、感基因组DNA池,结合AFLP标记筛选多态AFLP扩增片段,将稳定多态AFLP扩增片段转化为SCAR标记并进行相关验证。研究获得2个与玉米粗缩病抗性显著相关的SCAR标记SCAR69和SCAR74,分别位于染色体bin 2.07和5.04区；2个SCAR标记可应用于抗玉米粗缩病毒分子标记辅助选择。3.以现有X178×B73以及黄早四×掖107衍生的重组自交系群体为材料,分别构建高密度分子标记连锁图谱。其中,X178×B73 RIL群体的图谱包括643个分子标记(SSR, SNP和SCAR),覆盖玉米10条染色体,平均图距为1.59cM；黄早四×掖107 RIL群体构建的连锁图谱包括540个分子标记(SSR,SNP和SCAR),覆盖玉米10条染色体,平均图距为2.38 cM；选用3个抗病衡量指标(病株率—ID,病情指数—SI,校正病情指数—CSI)对玉米粗缩病抗性进行多年多点的QTL分析。结果表明,在X178×B73 RIL群体,检测到玉米第8染色体8.03处存在1个主效抗病QTL,其抗性基因来源为亲本X178,可解释28%的表型方差。在黄早四×掖107 RIL群体,于染色体2、3、4、6、7、8、10均检测到抗病QTL,其效应较小。通过比较定位分析以及抗病基因簇集分布,发现在玉米第3染色体3.04(SNP610-SNP1438)、第4染色体4.03(SNP1287—SNP581)、第6染色体(SNP1518-SNP408)、第7染色体7.02/03(SNP637—SNP686)、第8染色体8.06(SNP619—SNP68)存在玉米粗缩病抗性位点。4.真核翻译起始因子4E (Eukaryotic Initiation Factor 4E, eIF4E)是RNA病毒成功感染植物的重要决定因素。以玉米抗病自交系X178和感病自交系掖478为材料：1)分离eIF4E同源基因ZmeIF4E,研究基因表达模式。结果表明ZmeIF4E有5个外显子和4个内含子组成,编码218个氨基酸的蛋白；荧光定量PCR显示,该基因受植物激素——乙烯(ETH)、水杨酸(SA)和茉莉酸甲酯(JA)的调控,且在X178和掖478两自交系中的表达模式不同。2)ZmeIF4E序列比对(X178和掖478)和启动子分析表明,顺式作用元件DOFCOREZM、EECCRCAH1、GT1GAMSCAM4和GT1CONSENSUS存在的差异是ZmeIF4E基因表达模式发生变化的主要原因。3)关联分析表明,顺式作用元件EECCRCAH1与玉米粗缩病抗性显著相关；同时还发现顺式作用元件GT-1与玉米粗缩病抗性也显著相关。此外,这两个顺式作用元件在ZmeIF4E基因表达中存在互补或协同效应。综上可得ZmeIF4E基因的活性在玉米与粗缩病毒互作中发挥重要作用。