南美白对虾是中国对虾养殖的一个重要品种。传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus，IHHNV)和桃拉综合症病毒(Taura Syndrome Virus，TSV)是对虾疾病的两种主要的病毒病原，给对虾养殖业带来了严重的经济损失。我们采集了来自中国七个不同地区的214份南美白对虾样品，采用PCR或RT-PCR的方法分别检测了IHHNV和TSV。检测结果表明样品中IHHNV阳性率为65.42％，而TSV为3.27％。并且有少数样品能同时被这两种病毒感染，揭示这两种病毒能共存于同一只宿主中。随后，我们选取七个地区的IHHNV阳性样品进行基因组片段的扩增，扩增片段长3065个核苷酸，包含病毒非结构蛋白基因和衣壳蛋白基因。与IHHNV原始参考毒株夏威夷株的基因组序列比对结果表明，这七株序列的变异率很低，与夏威夷株核苷酸相似性可达99.3％到99.9％，并且衣壳蛋白基因的核苷酸突变率(1.92％)高于非结构蛋白基因(1.00％)。突变位点在整个病毒基因组上呈现无规则的散状分布。同样的，我们选取了三个地区TSV阳性样品进行了结构蛋白基因片段扩增和测序。结合GenBank公布的序列，利用病毒的结构蛋白基因进行了聚类分析，结果显示TSV能明显分为两组(亚洲组和美洲组)，显示出显著的地域差别。另外，与IHHNV不同的是，TSV结构蛋白基因的变异位点集中于VP1区，且变异位点呈现明显规律性，可作为基因分型的依据。