随着知识经济时代的到来，高新技术企业在我国不断涌现，高新技术企业在国民经济中所占的比重日益增加，如何发展高新技术企业成为各国提高综合竞争实力、实现可持续发展的重要战略举措之一。高新技术企业具有高风险、高收益、高创新性等特点，这就要求对高新技术企业的管理，更要加强对高新技术企业的核心资源——知识型员工的管理，而进行科学的绩效考核，能激发他们的斗志，充分发掘他们的潜能，使他们在实现组织绩效的同时，实现员工的个人价值目标，达到员工和企业的双赢。　　 本文以平衡计分卡基本理论等绩效考核相关理论为指导，首先从高新技术企业员工的特点出发，详细分析了高新技术企业员工的绩效影响因素，得出高新技术企业知识型员工的工作绩效存在难以监控和衡量、团队绩效难以分解到个人身上等考核难题，因此不能沿用传统企业的“德、能、勤、绩”这一通用考核模式，高新技术企业员工的绩效考核应分层次地设置科学的绩效考核评价指标体系;接着，本文结合平衡计分卡基本理论运用层次分析法对高新技术企业中高层管理人员、研发人员和销售人员三类员工的特性、岗位要求、考核重点，构建了高新技术企业三类员工的绩效考核评价指标体系;然后，通过专家打分法为各指标进行打分，运用层次分析法对高新技术企业员工的绩效考核进行了实证分析，最后得出了相关结论。