农业科研机构企业化转制是政府力图解决农业科技与经济结合不紧密的主要手段。研究指出，农业科研机构企业化转制政策和科研机构的努力程度是互为内生的一对变量。在其它条件保持不变的条件下，政府投入增加可以激励研究者努力水平的提高；反之，研究者努力水平提高，可以吸引更多的政府投入。研究人员的努力水平较低，表现在科技成果质量较低和科技成果产业化水平较低，这也是政府决定对这些科研机构实行企业化转制的原因。从这一点来考虑，政府对科研机构实行企业化转制，有其合理性。从政府投入的机会成本来看，由于研究者努力水平不足，政府投入的机会成本相对增加，降低对此类科研机构的投入有其合理性。但是，如果研究者努力水平较低的直接原因是政府的科技投入不足，企业化转制与否不是解决研究者激励问题的必要措施。政府的腐败行为导致研究者努力水平降低。随着腐败行为的加剧，政府投入有增加的激励，但当这种腐败行为超过一定限度，政府投入随之降低。政府对科技成果及其产业化的关注程度越高，研究者的努力水平越高，政府投入也越多。同样，如果研究者的社会责任感越强，其努力水平越高，会吸引更多的政府投入。这意味着如果企业化转制问题不解决腐败行为和监督政府、研究者对于科技成果及其产业化的关注程度，研究者的努力水平仍得不到提高。研究者机会成本是影响研究者努力水平的重要因素。这意味着降低研究者的机会成本，即提高研究者在科研机构的收入水平是激励研究者的重要手段。从农业科研机构与企业的关系来看，由于企业化转制后的科研机构缺乏相应的企业家人才，而同时现在的企业缺乏相应的科研能力，我国在农业科研机构相当长的时期内，利润分成契约(PSC)形式将会在较长时期和较大范围内存在。由于科研能力和企业家能力较为独立存在于科研机构和企业中，偷懒的现象将不可避免，这些农业科研机构运作将缺乏效率。随着市场经济的发展和我国体制改革的推进，科研机构和企业均会发生变化。随着科研院所的转制，以及政府对科研机构众多鼓励科技成果转化的措施，科研机构内部人员会形成相应的分工，一部分科研人员会逐步掌握企业管理能力；而同时，企业面临的竞争压力在加大，迫切需求企业提高技术创新能力；同时国家又有意识的强化企业创新的主体地位，企业的技术创新能力也将不断提高。所以，随着市场经济的不断发展，国家对科研院所的强制转制，FWC(固定工资契约)和FRC(固定报酬契约)将称为主要的契约形式，而PSC的空间将会缩小。这两种形式的契约由于将难以监督而又非常重要的因素(科研努力和企业家才能)一体化到一个主体，尽管仍存在偷懒的可能性，但是较自两个行为主体而言提高效率。当农业科研机构和企业在合作过程中同时采取决策，契约转换的临界值均为0.5。而当科研机构或者企业在合作中处于领先地位，临界值均变为0.82。这说明在其它条件不变的情况下，如果科研机构或者是企业能在与对方的合作中处于领先地位，则科研机构和企业选择PSC的空间增多，即使是双方均同时具有相当的技术创新能力和企业管理能力。因此当科研机构或者是企业在合作中处于领先地位，PSC为主要的契约形式，而FWC和FRC的空间越来越小。当产品的技术含量越高，FWC的契约空间增加，部分PSC将转为FWC；而FRC的空间减少，减少的部分转为PSC。反之，当产品生产所需的技术密集度减少，亦即属于资本密集型和劳动力密集型，FRC在契约空间中增加，而FWC的空间减少。当企业管理能力非常重要，FWC契约空间减少，而FRC的空间增加。对农业R&D私人投资和公共投资的研究表明，世界各国的私人投资趋势存在差异，但一个共同点是私人投资增长较快和比例较高的国家也同时具有较高的公共投资规模。私人投资受众多因素的影响，包括投资回报率，以及市场需求、技术创新机会和获利能力。对我国农业私人R&D投资的研究表明，私人投资在农业R&D总投资中的比例为13％。农业化工是私人部门投资份额最高的领域，达到48％；机械设备和农产品加工领域的私人R&D投资分别占14％和19％；种植业、畜牧业和农业推广及其它领域私人投资份额不超过10％。从私人投资份额的变异程度指标来看，私人投资较为稳定的是农业化工领域，其次是机械设备和农产品加工领域。从对我国农业科研项目调查的估计结果来看，公共农业R&D对私人农业R&D的弹性均为正值，这基本可以说明我国农业公共R&D投资和私人R&D投资之间是互补关系，而非替代关系。从估计结果还可以看出，不同农业技术领域私人R&D投资有显著的不同。这一结论隐含的深刻的政策含义，在我国要想刺激和吸引私人部门参与到农业科技活动中来，鼓励私人部门增加R&D支出，增加公共R&D支出具有重要的积极影响。如果公共R&D保持较高的增长速度，会吸引更多的私人R&D投资；如果公共R&D支出减少，私人农业R&D投资也会减少。从我国目前的情况来看，政府鼓励农业科技成果产业化的举措之一就是要求科研机构和高校在申请科研项目时必须联合企业参与。这一政策有其积极的一方面，但是隐藏着弊端。由于这些项目近似于“免费午餐”，吸引更多的企业参与到腐败行为中来，往往使得农业科研资源的配置失去效率。缺乏监督激励的政府部门也往往容忍或参与到这些腐败行为中来，导致农业科研经费的大量流失。在这种情况下，公共R&D的投资不仅不会刺激和吸引更多的私人部门投资，反而会对私人R&D投资有挤出效应。尽管农业科研机构的企业化转制有某种合理性，但我们的研究表明，放任市场机制发挥作用，中国农业技术的供给会受到负面影响，突出表现在：农业研发活动容易受到经济波动和其他外界条件变化的影响；非政府部门对农业科技投资有限性；私人部门农业R&D的有偏性；科技人员的流失和整体农业技术供给能力的萎缩。同时，面对激烈的竞争，科研项目的分配方面产生腐败的可能性增加。针对上述问题，本文提出以下政策建议：(1)国家要大幅度增加农业科技投入；(2)农业研究的公共支出应针对私人研究活动的有偏性特点；(3)审慎推行农业科研机构的企业化转制；(4)必须保持一个公正和廉洁的农业科研体系；(5)增加保留的公共科研机构的研究人员的收入水平；(6)完善配套政策；(7)保持农业科研体系的相对稳定性。