来源于海洋微生物多糖降解菌的麦芽五糖生成酶的冷适性及产物特异性研究

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麦芽五糖(Maltopentaose,G5)是由5个葡萄糖单元以α-1,4糖苷键连接而成的低聚糖,因其甜度较低、在维持血糖平衡和改善肠道内环境中发挥重要作用,同时作为营养助剂和诊断试剂被广泛应用于食品和医药领域,因此G5的合成具有很高的研究和应用价值。目前,G5的制备主要利用麦芽五糖生成酶(Maltopentaose-forming amylase,G5A,EC 3.2.1.X)特异性水解淀粉中的α-1,4糖苷键,生成以G5为主的麦芽低聚糖混合物。然而目前G5的生产存在主产物比例偏低、生产条件较为苛刻等缺点,导致G5生产成本较高,严重限制其工业化应用。这主要是由于已有的G5A产物特异性较差、反应温度较高,同时缺乏对G5A催化机理的了解,难以对其进行分子改造。为了解决上述问题,本研究以来源于海洋微生物多糖降解菌(Saccharophagus degradans)的麦芽五糖生成酶(Sd G5A)为研究对象,构建了高效、稳定、安全的Sd G5A枯草芽孢杆菌表达系统,分析了重组Sd G5A的酶学性质,发现并深入研究了Sd G5A的冷适性和产物特异性及其机理。主要研究结果包括:(1)成功构建了Sd G5A的枯草芽孢杆菌表达系统,并优化了重组Sd G5A的摇瓶发酵培养条件,确定了最适培养基成分和最佳发酵条件。结果表明,当培养基中的氮源和碳源分别为酵母粉(36 g/L)和麦芽糊精(5 g/L),且p H和培养温度分别控制在6.0和25℃时,重组Sd G5A的胞外表达水平最高,在此条件下发酵72小时,胞外酶活高达30.6U/m L,实现了Sd G5A异源高效分泌表达。(2)为了探究重组Sd G5A的催化特性,对其进行了纯化,并分析了其酶学性质。结果表明,Sd G5A的最适温度为45℃,但在0℃和25℃下仍具有较高的催化活力,且在3 M Na Cl溶液中可以保持70%以上的催化活力,说明Sd G5A具有较强的冷适性和耐盐性。此外,Sd G5A在4℃下与玉米淀粉反应36小时,可将77.7%的底物转化为麦芽低聚糖,其中G5比例高达78.5%,说明Sd G5A在低温下具有较强的特异性生成G5的能力。(3)利用Rose TTAFold构建模型,首次获得了Sd G5A的结构信息。结果表明,Sd G5A由催化域(Q1~A427)、连接子(Linker)(I428~K445)和碳水化合物结合组件(Carbohydratebinding module,CBM)(V446~F542)组成。Sd G5A的催化位点(D163、E189和D254)位于催化域的中心结构域A域;CBM临近于A域,位于通向催化位点的凹槽一端;催化域和CBM通过柔性Linker连接和调整相对位置。(4)为了探究Sd G5A的冷适性机理,对Sd G5A的结构特征进行了分析。首先,分析了Sd G5A结构的表面电荷分布,结果表明,在Linker和CBM的表面,分布有大量酸性氨基酸残基,净电荷密度高达-22.2%和-4.1%。通过分子动力学模拟(Molecular dynamics simulations,MD)分析发现,这些酸性氨基酸残基可与溶剂中的水分子发生氢键相互作用,形成水化层,有利于提高蛋白的水溶性,保护蛋白的内部结构;并且由于相同电荷的存在,使得蛋白分子间存在一定的静电排斥作用,可防止蛋白聚集、沉降。此外,通过对Sd G5A结构的静态柔性和动态柔性分析发现,Linker-CBM具有极高的灵活性,有利于提高酶在低温下的分子运动性和捕获底物的能力。为了验证Linker-CBM对Sd G5A冷适性的影响,将Linker-CBM截断,构建突变体Sd G5A-CD。突变体Sd G5ACD的最适反应温度升高至70℃,且在0℃下的水解活力仅为野生型的2.6%,说明LinkerCBM对调节Sd G5A的冷适性具有重要作用。此外,Linker序列中含有22%的半胱氨酸残基,易发生去质子化反应,以具有强亲核性的硫醇盐的形式暴露于蛋白分子表面。MD结果表明,去质子化后的半胱氨酸残基可进一步提高Sd G5A与水分子的氢键相互作用。最后,将Linker中的半胱氨酸突变为丙氨酸,分别构建突变体C432A、C437A、C438A和C441A,测得突变体在0℃下的酶活分别为野生型的98.4%、66.0%、50.4%和55.4%。以上结果说明,Linker-CBM是影响Sd G5A冷适性的重要因素。(5)由于Sd G5A具有较强的特异性生成G5的能力且其含有特殊的CBM结构,因此,从探究CBM对Sd G5A产物特异性的影响入手,进一步分析了CBM对Sd G5A内外切水解模式和持续合成能力的调控作用。首先,将Linker-CBM从Sd G5A截断并融合至巨大芽孢杆菌麦芽低聚糖生成酶中,分别构建突变体Sd G5A-CD和Bs MFA,相比于各自的野生型,Sd G5A-CD生产G5的比例降低了66.6%,而Bs MFA生产G5的比例提高了39.5%,说明CBM是调控G5A产物特异性的关键。随后,通过比较Sd G5A和突变体Sd G5A-CD在不同反应条件下生产G5的比例,发现CBM对产物特异性的调控作用受到反应温度和底物结构的影响。在0℃、25℃和45℃下,Sd G5A水解支链淀粉可生成80.5%、80.8%和55.0%的G5,分别是突变体Sd G5A-CD在相同反应条件下生成G5比例的3.5倍、4.4倍和2.1倍。但是当以直链淀粉为底物时,Sd G5A在反应初期生产G5的比例与Sd G5A-CD接近,说明在较高的温度(45℃)下或作用于直链淀粉时,CBM对Sd G5A产物特异性的影响较小。此外,CBM可以调控Sd G5A以外切型水解模式作用于支链淀粉或短直链糊精,但不会影响其以内切模式作用于长直链淀粉;并且,Sd G5A在较低的温度(0℃或25℃)下,具有持续合成产物的能力,而Sd G5A-CD的持续合成能力明显弱于Sd G5A。以上结果说明,CBM可以调控Sd G5A的产物特异性、水解模式和持续合成能力,并且较低的反应温度和较多的底物非还原性末端有利于CBM更好地发挥调控作用。(6)为了阐明CBM调控Sd G5A产物特异性的机制,利用分子对接和MD分析比较了催化域和CBM与底物的相互作用力。首先,将麦芽八糖(G8)分别对接至位于催化域的活性中心(Active center,AC),以及预测的CBM底物结合口袋,得到AC-G8和CBMG8复合物结构。结果表明,CBM底物结合口袋中的P194位点可以与G8的非还原性末端形成氢键,促使CBM特异性地识别底物的非还原性末端,从而有效降低底物初始结合位置的随机性;此外,AC-G8和CBM-G8复合物结构中的配体呈现出“Head-to-tail”的连续结构,这可能是底物在结合于CBM后持续移动至AC区域的路径。随后,将G8对接至预测的Sd G5A-CD底物结合口袋,构建CD-G8复合体,并分别以CD-G8和CBMG8复合物结构为MD模型,分析其底物结合位点的特征。结果表明,在CD-G8复合物结构中仅有6个氨基酸残基与配体间存在相互作用,其中Y117、K166、G195和E196通过极强的氢键和疏水作用力与配体稳定结合,较少的结合位点与较强的结合力不利于底物向AC滑动;而在CBM-G8复合物结构中,配体可与T457、G460、Q513等多达26个氨基酸残基存在相互作用,由于底物结合位点数目的增加,配体与每一个位点的相互作用力减弱,有利于底物持续性地向AC滑动。(7)针对较低的温度有利于Sd G5A特异性生成G5的现象,利用MD进一步探究了反应温度对CBM结合底物的影响。首先,设计了底物限制运动状态(Restricted-state,Rstate)和自由运动状态(Free-state,F-state)的MD程序,随后,分析比较了在0℃、25℃和45℃下,CBM-G8复合物结构在R-state和F-state程序下的均方根涨落(Root Mean Square Fluctuation,RMSF),以及不同时刻的构象变化。结果表明,在25℃下,当底物的运动由R-state转为F-state时,CBM的RMSF平均提高了1.9倍,其中L508、W521、K509、R510、C507、V520和V463位点的RMSF提高了2.8倍以上,说明底物的结合激活了CBM的运动;同时,CBM多结合位点的协同运动可以降低底物由CBM向AC滑动的自由能。并且,CBM-G8复合结构的构象也发生了明显的改变,G8与Sd G5A的结合位置由CBM向AC区域偏移。但是,在0℃下,由于蛋白和配体的运动性较差,CBM的RMSF和复合物的构象均未发生明显变化;在45℃下,由于蛋白和配体的灵活性过强,CBM难以与G8稳定结合,导致CBM无法调控其移动方向。因此,25℃是CBM调控Sd G5A产物特异性和持续合成能力的最佳温度。(8)为了评价Sd G5A的应用价值,以G5得率为指标,分析了以10%(w/v)的原淀粉作为底物、在4℃~45℃下的G5制备效率。结果表明,当反应温度为25℃时,且以支链淀粉含量最高的蜡质玉米淀粉为原料时,Sd G5A制备G5的得率最高,可将72.2%的底物转化为麦芽低聚糖,G5得率高达48.6%。Sd G5A是目前报道的产物特异性最高的G5A,同时也是首次报道的兼具冷适性和耐盐性的麦芽低聚糖生成酶,具有良好的基础研究价值和工业应用潜力。本研究首次揭示了Linker-CBM结构对Sd G5A冷适性和产物特异性的调控机理,可为其它淀粉酶的分子改造提供有力参考,为G5的高效定向合成打下坚实的酶学理论基础。
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