自然界与人类社会看上去并不像所想象的那么杂乱、随机、缺少规律性。对于一些复杂化的事物,它们往往包含着大量的内部组分,而各类组分之间往往有着独特的性质。这些独特性质间又存在着非随机性联系,凸显出各种各样的性质。生物体作为一类复杂的系统,细胞内含有不计其数各种生物分子,同时其生物组分也具有多样化与多元化。生物体内存在着不计其数的细胞,这些细胞之间可以进行相互协调,使整个生物学的行为更为复杂化。在对生物对象进行描述的过程中,可选择这种复杂化的网络来使整个对生物对象的描述显得更为自然化,这种生物网络以各成分间的相互关系展现出来。在本文中,主要对功能蛋白互作的基因网络模型进行构建,并构建对应的模型创建相关基因集功能注释分析法。在本课题中,所解决的问题是研究功能蛋白互作间的相互关系,在对这种蛋白互作进行研究阶段,我们进行了大量的资料收集,为数据挖掘技术提供更加充实的资料。在癌症相关基因进行研究时,由实验数据所得到的基因突变与基因相关表达数据能够为找出其中的优选基因提供相应的研究理论依据。在对优选基因进行选择阶段,我们充分利用了生物网络自有的特点,如蛋白质相互作用网络,共表达网络等。蛋白相互作用作为比较常见的生物网络,利用这种方法能够得到相应的关键基因以及关键基因互作的情况。最后,通过评价这种结合方法对提升蛋白间相互作用所带来的积极作用。