在循化县清水乡和孟达乡采集健康完整线辣椒植株，采用稀释分离法共分离得到19株菌株，通过回接验证试验得出Yg-1等14株菌株为内生菌。线辣椒的根、茎、叶中都分离出内生菌。并筛选出了具有较强拮抗作用和促生效果的菌株，编号为Yg-3。对菌株的生物学特性的研究结果表明，Yg-3为革兰氏阳性（G+）芽孢杆菌，菌落呈微黄色，边缘不整齐，锯齿状，表面粗糙，不透明，随培养时间延长，菌落颜色可变为褐色并有褶皱突起，周生鞭毛。结合菌落形态及生理生化试验结果，初步鉴定出菌株Yg-3为枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）。分别用浸种法、灌根法、注射法将抗利福平（Rif）标记的菌株Yg-3接种到线辣椒植株上，三种方式以灌根处理的定殖量最大，叶脉注射处理后，根部和茎部几乎检测不到目标菌株，只有叶片的定殖数量较大。菌株不同浸种时间定殖性测定结果表明，浸种时间越长分离到的菌数越多，以浸种24h分离到的菌数最多。菌液不同浓度浸种定殖性测定结果表明，原液稀释10倍浸种处理的定殖数量最大，且定殖数量随着稀释倍数增大而逐渐减少。说明了不同浸种时间和不同菌液浓度浸种对菌株进入植物体内有一定影响。用浸种法和灌根法将抗利福平（Rif）标记的菌株Yg-3接种到不同品种的辣椒植株上，15d后均可以回收到标记菌株，说明菌株Yg-3对辣椒品种没有选择性。通过对菌株发酵工艺的研究发现，Yg-3的最佳培养基为4号培养基：黄豆粉（Soy flour）30g，葡萄糖（Gluate）20g，淀粉（Darch）5g，酵母膏（Yeastextract）2g，氯化钠（NaCl）4g，磷酸氢二钾（K₂HPO₄）0.5g，硫酸镁（MgSO₄·7H₂O）0.5g，碳酸钙（CaCO₃）2g，水1000mL，pH值7.8。Yg-3的最佳转速为150r/min，最佳温度30℃，最佳pH值为6.5，最佳接种量为3%。将菌株Yg-3制成浓度为1×109、1×108、1×107、1×106CFU·mL^-1的菌株发酵液浸泡线辣椒种子和处理幼苗后，浓度为1×109CFU·mL^-1的发酵液对线辣椒的萌发、干重、根茎长、出苗率、鲜重及干重都具有明显的抑制作用，而稀释液对其有不同程度的促进作用。菌株Yg-3的1×108CFU·mL^-1菌液的促生效果最为明显。经灌根、浸种、注射三种方法接种线辣椒植株后，三种接种方式都对线辣椒的株高、鲜重及干重表现出一定的促生作用。其中以灌根接种效果最为明显，与对照差异极显著，其次为浸种接种，与对照差异显著，最后为注射接种。菌株Yg-3分别用羊粪发酵物混合浸种，草炭灰混合拌种，菌液浸种后对于线辣椒的株高、鲜重、地上地下干重均有影响，其中经羊粪发酵物处理过的促生作用最为明显，与对照差异极显著。经草炭灰处理的和菌株发酵液与对照差异均为显著。