自2002年中共十六大以来，中共中央不止一次提出：要健全和完善中国共产党党内权力运行机制这一重大的理论命题和实践课题。为此，理论界断断续续对该课题进行了初步争鸣和探讨。然而，由于该课题所涉及的学科的交叉性和课题本身的复杂性以及敏感性，因而从总体上看，目前学界对该项课题的研究仍然没有取得较大进展，尤其是在中共党史领域内尚显薄弱。基于此，本文从一个新的视角——以建国后党政关系发生的整体性变化为视角，综合运用多种研究方法，较为系统性地研究了建国后党政关系发生四次整体性变化下的中国共产党党内权力运行机制的不同特征，并从理论上分析了中国共产党党内权力运行机制的不同特征与党政关系发生的四次整体性变化的关系，最终揭示出全国执政时期的中国共产党党内权力运行机制与党政关系密切关联这一条客观规律和重要启示。本论文包括引言及六章共七个部分。引言部分阐释了问题缘起及研究意义，对相关文献和学术研究现状进行了精炼性评述，对研究框架及研究重点和难点、研究方法以及研究的创新点和不足之处作了必要性的说明。指出：就中国共产党党内权力运行机制的研究现状而言，目前学界尚未对中国共产党党内权力运行机制的内涵、构成要素、功能以及理论特征等进行科学而规范的理论建构，存在重视理论剖析与探讨而轻视史实梳理与归纳的缺陷和问题以及尚缺乏新的研究视角和新的研究思路；开展这项研究，无论对优化中国共产党党内权力运行机制，还是拓宽中共党史研究领域，都具有十分重要的现实意义和学术价值。第一章从理论建构出发，指出，所谓中国共产党党内权力运行机制，就是指：在合理配置和科学划分中国共产党内部进行政治活动的一系列权力实体的职责基础之上，为保证中国共产党党内权力科学、高效、公正运作，通过一系列制度规定和制度安排而形成的中国共产党党内各权力实体之间相互关联、相互制约、相互协调、相互作用的配置模式以及运行方式；中国共产党党内权力运行机制主要由权力运行授予机制、权力运行决策机制、权力运行执行机制和权力运行监督机制四个构成要素相互衔接、相互联系、有机构成；中国共产党党内权力运行机制的基本功能由内向性功能和外向性功能两部分构成；根据文本的相关规定，透过现象分析本质，透过枝叶抓其主干，从理论上看，中国共产党党内权力运行机制具有以下几个鲜明的理论特征，即：它是一种集体领导和权力共享机制、它是一种上级与下级权力的双向互动机制、它遵循特定、规范而又严密的运作程序。第二、第三、第四、第五章从建国后党政关系发生的整体性变化为研究视角出发，指出：从1949年10月新中国成立至1956年社会主义改造基本完成这一历史时期，中国的党政关系发生了建国后的第一次整体性变化——“形变”，主要表现为：先后形成了中国共产党对国家政权的“间接领导”模式、中国共产党对国家政权的“直接领导”模式以及中国共产党党委对国家政权的“分口领导”模式三种模式。基于党政关系发生“形变”的视角下，从整体特征研究这一历史时期的中国共产党党内权力运行机制，发现，中国共产党党内权力运行机制几乎没有发生根本性变化，而是始终呈现出一种非常“稳定”或者说“未变”特征。笔者从历史给予的既成客观事实中得出：中国共产党党内权力运行机制的这种“未变”特征与这一历史时期党政关系发生的“形变”密切关联；从1956年社会主义改造基本完成至1966年“文化大革命”爆发前夕这一历史时期，中国的党政关系发生了建国后的第二次整体性变化——“实变”，主要表现为：先后形成了“党政适当分开”模式、“党政不分”模式、“党政有限调整”模式。基于党政关系发生“实变”的视角下，从整体特征研究这一历史时期的中国共产党党内权力运行机制，发现，中国共产党党内权力运行机制相应呈现出一种非常强烈的“剧变”特征。笔者从历史给予的既成客观事实中得出：中国共产党党内权力运行机制的这种“剧变”特征与这一历史时期党政关系发生的“实变”密切关联；从1966年“文化大革命”爆发至1978年中共十一届三中全会召开前夕这一历史时期，中国的党政关系发生了建国后的第三次整体性变化——“病变”，主要表现为：党政领导系统遭到全面破坏，党政权力运行失去依托；由“三结合”组成的革命委员会，将党政不分推向极端。基于党政关系发生“病变”的视角下，从总体特征研究这一历史时期的中国共产党党内权力运行机制，发现，中国共产党党内权力运行机制相应呈现出一种“畸变”特征。笔者从历史给予的既成客观事实中得出：中国共产党党内权力运行机制的这种“畸变”特征与这一历史时期党政关系发生的“病变”密切关联；从1978年中共十一届三中全会召开以来这一历史时期，中国的党政关系发生了建国后的第四次整体性变化——“良变”，主要表现为：先后形成了“党政职能分开”模式、“以党领政”模式以及“科学执政、民主执政、依法执政”模式。基于党政关系发生“良变”的视角下，从整体特征研究这一历史时期的中国共产党党内权力运行机制，发现，中国共产党党内权力运行机制相应呈现出了一种“制变”特征。笔者从历史给予的既成客观事实中得出：中国共产党党内权力运行机制的这种“制变”特征与这一历史时期党政关系发生的“良变”密切关联；第六章依据新中国成立后中国共产党党内权力运行机制在党政关系发生“形变”、“实变”、“病变”和“良变”这四次整体性变化下所分别呈现出的“未变”、“剧变”、“畸变”和“制变”特征和客观事实，笔者运用归纳法，从中归纳和揭示出一条具有真理性的客观规律，即：全国执政时期的中国共产党党内权力运行机制始终与党政关系密切关联。由这一客观规律出发，笔者认为，在优化中国共产党党内权力运行机制时应该把处理好党政关系作为重要一环，同时应把“机制”本身的优化作为根本。