甘蓝型油菜（Brassica napus,AACC,2n=38）作为世界上重要的油料作物,其产量和含油量一直是人们关注的重点。早期人们使用不同的统计方法对油菜种子产量进行了许多数量性状位点分析,以剖析种子产量的遗传构成,然而对种子产量这一复杂性状的理解仍然不足。本研究中通过对甘蓝型油菜Bna TNDH群体19个实验环境下考察的表型性状进行了QTL重分析,并考虑相关性状之间的相互作用,结合多性状或多环境的直接或间接对种子产量起贡献的QTL对种子产量的复杂遗传结构进行了研究。进一步利用Bna TNDH群体衍生的Bna TN双向导入系对六个控制甘蓝型油菜种子含油量的主效QTL位点进行了跟踪和精细定位。提高产油量是油菜育种的重要目标,而通过遗传重组聚合优良等位基因是提高油菜产油量的主要方法,且重组对于群体遗传多样性、物种进化也具有极其重要的意义。因此,在本研究中利用三个Bna TN群体构建的高密度遗传图谱对其全基因组重组变异位点进行了解析。主要研究结果如下:1.对Bna TNDH群体在19个实验环境下考察的22个表型性状（种子产量及产量相关性状、种子品质性状、发育相关性状和胁迫抗性性状）进行了QTL的重分析。参考前人将虽未达到P=0.05水平,但在0.5水平以上同时可重复检测到峰值并能与已达到0.05显著水平以及1000次排布测验的显著QTL重叠的,作为真实的微效QTL,并与达到显著水平的QTL一并命名为identified QTL。本研究总计检测到与22个性状相关的2,569个identified QTL。前人采用元分析的方法对同一个性状对在不同实验环境中检测到的identified QTL进行整合,整合后的QTL命名为consensus QTL（共识QTL）。本研究经整合后共得到1,904个consensus QTL,其中包含80个影响种子产量的consensus QTL和97个控制含油量的consensus QTL。在本研究中,进一步提出解析复杂性状时在考虑上述identified QTL和consensuse QTL的基础上,应同时考虑与其直接和间接相关的QTL,如对种子产量结合多性状或多环境下的直接或间接对种子产量起贡献的QTL,对种子产量QTL进行进一步的整合分析,提出将整合后的有助于种子产量的这些QTL称为“essential QTL”,共鉴定出525个种子产量essential QTL,其中428个essential QTL表现出多效性以及环境效应。2.在Bna TNDH群体中检测到的97个含油量QTL位点中,共包含七个主效的QTL,分别为q OC.A1-2、q OC.A1-9、q OC.A3-6、q OC.A8-2、q OC.A10-3、q OC.C3-5和q OC.C3-7,最高可解释15.4%的含油量表型变异。随后,利用衍生的Bna TN双向导入系及其后代,对其中六个主效含油量QTL区间（q OC.A1-9、q OC.A1-2、q OC.A3-6、q OC.A8-2、q OC.A10-3和q OC.C3-5）进行了精细定位,分别将区间缩短到了316Kb、183Kb、174Kb、330Kb、116Kb和163Kb的范围内,为进一步的基因克隆或含油量的遗传改良奠定基础。3.对Bna TNDH及其衍生的双向导入系Bna T-BC4F2和Bna N-BC4F2群体构建了高密度的遗传图谱,并且锚定了着丝粒在Ningyou7基因组上的位置。三个群体遗传图谱与NY7基因组间均呈现高度的共线性,但同样也检测到一些倒位和HEs（Homoeologous exchanges,部分同源交换）事件。利用三个Bna TN群体的高密度遗传图谱对三个群体的全基因重组变异位点进行了分析,发现重组的发生在不同的遗传背景、亚基因组、染色体和基因组区域之间存在差异,并受到基因密度、转座因子、染色体重排等基因组特征的显著影响。4.相对于Bna TNDH群体,经过五代减数分裂,89%和80%的A、C基因组通过重组可以被重构。在三个Bna TN群体中共鉴定出134个重组热点,大部分位于重组热点和冷点区的基因分别参与了DNA复制和减数分裂过程的正调控和负调控;重组热点区有利于QTL的检测和基因的克隆,并且有利于优良的等位基因进行组合,从而改良油菜性状（如种子含油量）。综上所述,种子产量essential QTL的检测为解析复杂性状的遗传基础提供了一种方法,可为理解作物的复杂性状提供一个参考。对六个含油量的主效QTL进行精细定位,获得了一批候选材料和候选基因,可在后续进一步开展候选基因的验证工作,同时获得了一批与含油量QTL区间紧密连锁的分子标记,可应用于甘蓝型油菜高含油量的分子标记辅助选择育种工作中。研究和了解异源多倍体甘蓝型油菜的重组变异,对油菜的重要性状的形成、遗传改良和多倍体基因组的进化具有重要意义。