中小企业创新作为国家自主创新系统中的一个重要组成部分,因其创新意识强、经营体制灵活等特点,成为我国自主创新战略中必不可少的一部分。以技术创新为主体的中小企业，其研发能力自然是自主创新过程中不可忽视的重要环节。虽然影响研发投入的因素众多，但近来的文献大多关注公司内部治理因素或外部因素对研发投入的影响，由于研发投入的溢出效应、中小企业筹资难等特征，单单靠内部治理或外部力量来提升企业研发强度是不够的。因此，本文基于企业微观角度和财务视角，选取了中小企业板上市公司作为研究对象，并从公司内部治理（股权结构）与外部政策安排（政府补助）两方面来研究其对中小企业研发投入的影响。本文采用理论分析与实证研究相结合的方法对所选课题进行研究。首先按照股权结构和政府补助对企业研发投入影响的相关文献进行回顾和评述，接着借鉴相应的理论分别分析了股权结构、政府补助对实际控制人性质不同的企业研发投入的影响。在实证部分，本文选取了中小企业板上市公司2009-2011年的数据为样本，经过严格筛选，一共选出591家样本公司，按实际控制人性质的不同划分为国有样本149家，非国有样本442家。通过描述性统计、相关性分析以及回归分析等方法实证检验了股权结构、政府补助对实际控制人性质不同的中小板企业研发投入的影响，研究发现：（1）国有中小板企业的研发投入强度明显强于非国有中小板企业；（2）总体上，第一大股东持股比例对中小板企业研发投入有显著的影响，但两者关系因公司实际控制人性质的不同而有差异；（3）总体上，股权制衡度与企业研发投入之间关系不显著，但在非国有中小板企业中显著正相关；（4）高管持股比例与企业研发投入之间关系显著正相关，在非国有中小板企业显著性更强；（5）机构投资者持股比例与非国有中小板企业研发投入之间关系显著正相关，但在国有中小板企业中关系不显著；（6）风险投资背景与中小板企业研发投入之间关系虽为正，但不显著；（7）总体上，政府补助与中小板企业研发投入之间关系显著正相关，但两者关系因公司实际控制人性质的不同而有差异。基于以上结论，本文从公司治理机制的完善层面以及政府层面提出相应的对策。本文从企业股权结构与政府补助两层面对实际控制人性质不同的中小板企业研发投入的影响所作的理论阐释和实证分析，对于进一步丰富研发投入理论体系、特别是对于实际控制人性质不同的中小板企业更有针对性地提升其研发投入有着重要的理论意义，并且为政府优化研发补助政策、促进企业成为创新主体提供决策参考。