Wnt/β-catenin信号通路的遗传变异与胃癌风险的相关性研究

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研究目的研究Wnt/β-catenin信号通路中基因的单核苷酸多态性与胃癌遗传易感性的关系,在此基础上为胃癌的发生及预后提供新的潜在的生物标记物。研究方法通过文献阅读,选择与恶性肿瘤发生密切相关的Wnt/β-catenin信号通路,查阅与传导通路信息相关的多个网站,挑选有意义的关键基因位点,通过高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌高通量基因的表达矩阵,检测出其中胃癌与正常癌旁组织存在显著表达差异的基因,在剩余的基因中通过条件筛选,选择基因中符合条件的单核苷酸多态性(SNPs),并通过在线工具预测这些SNPs的代表性功能,将不具有功能的SNPs过滤。接下来,我们通过成对连锁不平衡(LD)分析来选择标记的SNPs。在进行功能注释后,保留假定的功能性SNPs。通过FDR筛选,留下具有差异显著性的SNPs。对该SNPs进行深层次的分析。采用Logistics回归模型计算SNPs与胃癌易感性的相关性。通过下载数据库中相关数据,在不同的数据模型中将SNPs与胃癌风险之间的关联进行分层分析,探索候选SNPs在胃癌中表达水平以及与胃癌发生、预后的关系,并再次通过GEO数据库中不同来源的数据组以及TCGA数据库进行e QTL分析,验证SNPs与其所在基因表达量的相关性,最后,评估靶基因与胃癌生存率的关联性,进一步验证相关基因与胃癌预后的关联性。研究结果在京都基因与基因组百科全书(KEGG)及基因名片数据库Gene Cards中,挑选了Wnt/β-catenin信号通路上具有表达意义的103个基因位点,排除其中位于性染色体上的3个基因,根据基因表达综合分析,检测到其中胃癌和正常癌旁组织中存在显著差异表达的13个基因。在剩余的基因中通过条件筛选,保留了41个具有生物学功能的单核苷酸多态性(SNPs),最终通过多次条件筛选,留下FOSL1基因中具有差异显著性的SNP rs10791830(P=2.37×10-2)。对该SNP进行深层次的分析。采用Logistics回归模型计算该SNP与胃癌易感性的相关性。结果发现,rs10791830中携带TT基因的个体罹患胃癌风险显著降低(调整OR=0.74,95%CI=061-0.89,P=1.8×10-3);携带CT基因的个体罹患胃癌的风险也降低了(调整OR=0.81,95%CI=0.70-0.94,P=4.6×10-3)。同时,分层分析结果显示,T等位基因能显著降低60岁以下人群的胃癌发病几率(调整OR=0.77,95%CI=067-0.88,P=1.40×10-4)。通过GEO数据库中提取的数据进行验证分析,胃癌组织样本的FOSL1基因表达量相比癌旁的正常组织有显著升高。在TCGA数据库也可观察到相同的结果。然而,GTEx的表达谱和基因分型数据,通过e QTL分析发现rs10791830不能影响FOSL1的表达。通过在线生物信息学工具Kaplan-Meier绘图仪来评估FOSL1对胃癌生存率的影响。我们发现,FOSL1 m RNA低表达的胃癌患者首次进展生存期显著更好(FR、HR=1.74、logrank P=5.1×10-8),总生存期显著提高(OS、HR=1.6、P=7.20×10-8),复发后生存期也更高(PPS、HR=2.45,logrank P=1.90×10-15)。研究结论FOSL1基因的遗传变异可能与中国人群患胃癌的发病风险显著相关,rs10791830 T等位基因与降低胃癌风险密切相关,尤其是低于60岁的人群。因此,FOSL1可能是Wnt/β-catenin信号通路中与胃癌相关的关键基因,而FOSL1中的SNP通过对FOSL1表达的生物学效应来影响胃癌的易感性。其作为胃癌发病的一项保护性因素,有潜力成为预测胃癌发病风险的生物标记物,并可为胃癌患者的预后提供有效的预测。
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