白细胞介素-10基因多态性及其表达与急性髓系白血病相关研究

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第一章建立一种改良的酚-氯仿提取全血基因组DNA方法目的通过对经典酚-氯仿提取DNA法的改良,建立一种快速、经济的从全血中提取高质量基因组DNA的方法,用于基因多态性分析中。方法分别用改良酚-氯仿法、经典酚-氯仿法和Wizard(?)基因组DNA纯化试剂盒法从20份全血中提取基因组DNA,DNA样品通过吸收光谱法、琼脂糖凝胶电泳和聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增DNA甲基化转移酶3A(DNA methyltransferase3A, DNMT3A)基因片段进行对比鉴定。结果改良酚-氯仿法、经典酚-氯仿法和Wizard(?)基因组DNA纯化试剂盒法提取的基因组DNA产量分别为(27.2±2.6)μg/ml全血、(21.4±2.7)μg/ml全血和(32.1±8.4)μg/l全血;纯度A260/A280分别为1.84±0.03、1.75±0.12和1.67±0.25;提取时间分别为1.5±0.3h、16.5±1.0h和1.8±0.8h。改良酚-氯仿法与其它两种方法提取的DNA在产量和纯度上比较,差异均有统计学意义(P<0.05);在提取时间上比较,改良酚-氯仿法与经典酚-氯仿法差异有统计学意义(P<0.05),与Wizard(?)基因组DNA纯化试剂盒法提取时间上差异无统计学意义(P>0.05)。三种方法提取基因组DNA凝胶电泳条带完整,PCR扩增目的条带完整,能够满足基因多态性分析要求。结论改良酚-氯仿法是一种快速的从全血中提取高质量基因组DNA的方法,可用于基因多态性分析中,适合大规模人群基因组学研究。第二章白细胞介素-10基因多态性及其表达与急性髓系白血病相关研究目的研究白细胞介素-10(interleukin-10, IL-10)基因多态性及其表达与急性髓系白血病关系。方法采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism, PCR-RFLP)方法检115例急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)患者和137例健康对照人群IL-10-819、-592位点单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP),分析其基因型及等位基因。并采用实时荧光定量PCR检测54例初发AML患者和非肿瘤对照组IL-10mRNA表达量,联合基因型进行统计分析。结果IL-10-819、-592位点基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。比较115例AML患者与137例健康人IL-10-819T/C基因型发现,AML组-819AA基因型频率较健康对照组升高(59.1%vs40.9%),并且AML组-819A等位基因频率也较健康对照组升高(75.6%vs63.9%),统计分析示AML组与健康对照组-819T/C基因分布有显著差异(P<0.05),并且AML组与健康对照组-592A/C基因分布同样有显著差异(P<0.05)。AML组和健康对照组比较,单倍体TA在AML组频率高于健康对照组(75.6%vs63.9%),差异有统计学意义(P<0.05),并且两组的IL-10三种基因型分布比例有显著差异(P<0.05)。初发AML组IL-10mRNA表达水平较非肿瘤对照组明显升高(7.78×10-3vs2.43×10-3,P<0.05),并且化疗缓解AML组IL-10mRNA表达水平较初发AML组有明显下降(3.64×10-3vs7.78×10,P<0.05)。进一步分析IL-10基因型、单倍体与IL-10mRNA表达的关系,发现无论在初发AML组还是非肿瘤对照组,TA/TA基因型者IL-10mRNA表达水平最低,CC/CC基因型者IL-10mRNA表达水平最高,三种基因型其IL-10mRNA表达水平有显著差异(P<0.05)。结论1、IL-10-819、-592位点基因多态性与AML发病相关,-819T、-592A等位基因可能为AML易感基因。2、IL-10-819、-592位点的单倍体分析发现,IL-10基因只存在TA和CC两种单倍体,TA/TA、TA/CC、CC/CC三种基因型,单倍体TA和基因型TA/TA与湖南地区汉族人群AML的易感性有关。3、IL-10基因多态性与IL-10mRNA表达相关分析发现,IL-10基因多态性可能影响AML患者IL-10mRNA表达。
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