葫芦科作物是新疆重要的经济作物之一，因其品质高、口感好，在国内瓜果类产品中具有很大的市场，因此新疆是国内的一个重要的瓜果基地。近年来，病毒病的发生和危害直接威胁着新疆葫芦科作物的生产和发展。西瓜花叶病毒2号（WMV-2）是致病的主要毒源之一，危害葫芦科作物日益严重，国内有关其发生的报道也在不断增加。20世纪七、八十年代国内的一些专家学者对新疆哈密瓜、西瓜上发生的WMV-2采用生物学、血清学和分子生物学等方法进行了鉴定，但局限于小范围和少量葫芦科作物，也未对新疆WMV-2的遗传多样性做系统研究。对此，本论文对侵染新疆葫芦科作物的WMV-2进行了检测，并对来自新疆不同地区不同葫芦科作物的WMV-2的遗传多样性进行了初步研究。 2007-2008年从石河子、昌吉、玛纳斯、奎屯、乌苏、阿克苏、喀什等地采集到149个感染病毒病的西瓜、南瓜、黄瓜、甜瓜等十几种葫芦科作物样品，根据已报道的WMV-2基因序列设计引物，采用RT-PCR的方法，扩增外壳蛋白（CP）基因的cDNA片段，将其克隆到pGM-T载体上并进行序列测序和分析。结果表明：所采的149个样品中共检测出15个片段大小为917bp的WMV-2的样品，这些分离物CP基因全长为850个核苷酸，编码了197个氨基酸，在N端可变区明显不同于国内外报道的核苷酸序列，比其它地区分离物多出了6个核苷酸。将新疆分离物与5个GenBank中已经报道的不同国家或地区的WMV-2分离物CP基因进行同源性比对，其核苷酸同源性在92.3％～99.6％之间，由此从分子水平证明了这15个分离物为西瓜花叶2号病毒。分离物WMV-2-M1在第799位上出现了缺失，而其它分离物均为腺嘌呤A。 根据已报道的WMV-2美国分离物（GenBank序列号D13913）序列，设计出6对寡聚核苷酸引物。用单链构象多态性（SSCP）技术分别对该6对引物的PCR扩增产物进行遗传多样性分析。从聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）图谱可以看出，6对引物中，除引物cp5和cp6的结果不明显外，其他4对引物的结果都能说明新疆15个WMV-2分离物之间存在一定的遗传多样性，其中引物cp4的结果最明显。用cp4这对引物对检测出的15个分离物进行PCR扩增，除WMV-2-S8、WMV-2-S9和WMV-2-W1分离物未扩增到目标片段外，其它12个分离物均能扩增到421bp左右的片段，和预计片段大小基本一致。根据PAGE图谱可将扩增到的12个WMV-2分离物归为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ五个类群，并且这些分离物的遗传多样性明显与地域和寄主有关。