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目的通过前瞻性巢式病例对照研究，探讨中学生健康相关行为与亚健康发生的因果关系及其关联强度，并为后续的干预研究提供指导。方法采用多阶段分层整群随机抽样的方法，抽取重庆市6所中学的初中、高中学生3151名进行基线问卷调查，检测亚健康症状的发生率，以及健康相关行为的暴露情况。保留基线调查中亚健康症状阴性的学生，继续进行为期9个月的随访观察，于观察期结束后再进行一次问卷调查，检测亚健康症状的新发率，以及健康相关行为的暴露情况。基线与随访调查均使用《青少年亚健康多维评定问卷》（MSQA）和自编的《重庆市中学生健康相关行为调查问卷》。结果基线调查的3151名中学生，躯体亚健康症状检出率为33.10%，其中初中生29.23%，高中生36.86%；心理亚健康症状检出率为45.13%，其中初中生37.22%，高中生52.82%。经过χ2检验和多因素Logistic回归的共同分析，得出如下结果：个人基本信息中的学段[AOR=1.355,95%CI(1.155-1.590)]因素，以及健康相关行为因素中的饮酒[AOR=1.323,95%CI(1.036-1.690)]、醉酒[AOR=1.981,95%CI(1.098-2.574)]、参加大强度运动[AOR=0.793,95%CI(0.670-0.939)]、参加小强度运动小[AOR=0.840,95%CI(0.710-0.955)]、意外伤害[AOR=1.377,95%CI(1.148-1.652)]、故意伤害[AOR=1.985,95%CI(1.661-2.373)]、自杀[AOR=2.007,95%CI(1.638-2.461)]等8个因素与躯体亚健康症状的发生存在关联性；个人基本信息中的学段[AOR=1.872,95%CI(1.605-2.183)]和家庭居住地[AOR=1.244,95%CI(1.042-1.485)]因素，以及健康相关行为因素中的吸烟[AOR=1.846,95%CI(1.063-3.206)]、参加大强度运动[AOR=0.632,95%CI(0.536-0.745)]、参加小强度运动[AOR=0.813,95%CI(0.690-0.959)]、意外伤害[AOR=1.434,95%CI(1.207-1.705)]、故意伤害[AOR=1.859,95%CI(1.551-2.228)]、自杀[AOR=2.820,95%CI(2.267-3.506)]、网络成瘾[AOR=2.521,95%CI(1.589-3.988)]等9个因素与心理亚健康症状的发生存在关联性。完成随访调查的1208名中学生，躯体亚健康症状的新发率为9.11%，其中初中生10.76%，高中生7.05%；心理亚健康症状新发率为9.27%，其中初中生10.31%，高中生7.98%。经过χ2检验和多因素Logistic回归的分析，研究组有如下发现：1.对于初中生：意外伤害和自杀2个因素，是引发初中生躯体亚健康症状的危险因素，其危险度分别为1.855[95%CI(1.074-3.204)]和4.828[95%CI(1.380-16.894)]倍；故意伤害和自杀2个因素，是引发初中生心理亚健康症状的危险因素，其危险度分别为6.092[95%CI(2.678-13.858)]和11.834[95%CI(2.941-47.615)]倍。小强度运动是引发初中生躯体亚健康症状的保护因素，其保护度为0.521[95%CI(0.285-0.955)]；大强度运动是引发初中生心理亚健康症状的保护因素，其保护度为0.484[95%CI(0.250-0.937)]。2.对于高中生：故意伤害是引发高中生躯体亚健康症状的危险因素，其危险度为5.296[95%CI(1.719-16.322)]倍；意外伤害和自杀2个因素，是引发高中生心理亚健康症状的危险因素，其危险度分别为3.220[95%CI(1.559-6.647)]和5.384[95%CI(1.210-23.947)]倍。随访调查暂未发现能够对高中生亚健康症状的发生起到保护性作用的健康相关行为因素。结论重庆市中学生亚健康症状的累积发生率较高，且高中生高于初中生；但亚健康症状在9个月随访时间内的新发率则大幅度降低，且初中生的新发率高于高中生。本研究的基线调查结果可为后续的亚健康影响因素研究提供指导思路，而随访调查结果可为下一步的干预工作提供指导方向。