脊椎动物的黏膜是一个特别动态的环境,数以万亿计的共生微生物存在于其中,在许多生物学功能中发挥着重要作用,包括生长促进、营养、发育和代谢。微生物群与宿主的免疫系统密切相关,其能诱导免疫应答的发生,增强免疫易感性。与此同时,作为回应,宿主黏膜免疫系统进化出多种方式来维持其与微生物群的共生关系。鱼类作为早期脊椎动物的一环,也在压力的作用下进化出先天免疫和适应性免疫,因此能够保护自身免受水生环境中病原体的侵袭,并维持黏膜微生物群落的稳态。其中值得注意的是,与哺乳动物鼻咽相关淋巴组织不同的是,由于硬骨鱼类缺乏后鼻孔而导致其鼻和咽分离,形成两个独立的区室,分别为鼻相关淋巴组织和咽相关淋巴组织。有研究表明硬骨鱼类的鼻和咽黏膜组织存在抵抗病原的免疫反应,且鼻和咽黏膜组织中的共生细菌在虹鳟中得到鉴定。但病毒介导的黏膜免疫反应和微生物之间的关系仍不清楚。在本研究中,我们对鲤鱼（Cyprinus carpio）进行腹腔注射鲤春病毒血症病毒（SVCV）,发现其能成功感染鲤鱼,然后对感染后不同时间点鲤鱼的鼻和咽组织进行转录组和微生物组测序,具体实验内容和结果显示如下:1.我们将低致死浓度的SVCV腹腔注射到鲤鱼体内,感染三天后鲤鱼开始出现明显的临床症状,包括眼球突出,鳃变白,鳞片脱落和尾鳍出血等。然后在受感染的鲤鱼鼻和咽组织中也发现了活病毒粒子,它们能使鲤上皮瘤（EPC）细胞产生明显空斑效应（CPE）,说明病毒能成功迁移并感染鲤鱼鼻和咽组织。通过q RT-PCR分析法检测了对照组和感染后1天,4天,7天,14天和28天时间点鲤鱼鼻和咽黏膜组织及脾脏和血液中SVCV的拷贝数,我们发现病毒载量随着时间的推移呈现先上升后下降的趋势。2.对对照组和感染后不同时间点鲤鱼鼻和咽组织进行石蜡切片和染色,并对其不同部位进行测量和统计。我们发现鼻绒毛中间的固有层随着感染时间的增加而逐渐变宽,在28天后有所降低,而咽上皮层随着感染时间的增加而逐渐变薄,并在28天后有所恢复。同时,我们也对鼻绒毛和咽上皮中的黏液细胞进行统计,发现黏液细胞都先上升后下降。通过qr检测鼻和咽组织中抗病毒相关基因、抗菌肽基因、免疫球蛋白基因和炎症因子基因。最后发现病毒感染确实能引起鼻和咽组织的病理变化和相关基因的表达变化。3.我们将病毒载量最高的感染第4天时间点和病毒载量降低后的感染第28天时间点送样,进行转录组测序。与q RT-PCR结果类似的是,在感染后第4天时间点,抗病毒基因、炎症因子基因和抗原递呈基因都有高表达。其中有趣的是,抗细菌相关基因也存在一定程度的高表达,如血清淀粉样蛋白基因（SAA）和半乳凝集素基因（galectin）,同时在三种模式识别受体（PRRs）通路中也发现与细菌识别相关的通路被激活。因此,我们认为SVCV感染诱导鲤鱼鼻和咽黏膜表面的继发性细菌感染。4.将与转录组测序相同的样品送样,进行微生物组测序。我们发现感染后4天时间点鼻和咽组织表面的微生物群的组成在门水平,目水平和种水平都与对照组相比有明显区别,同时存在条件致病菌显著上升,如:假单胞菌,不动杆菌等。我们的研究结果表明,SVCV感染破坏了鲤鱼鼻和咽黏膜表面的微生物稳态,并影响部分细菌定殖。同时也印证了前面的可能存在继发性致病菌感染的观点。