质谱技术是蛋白质组学的核心技术，利用质谱鉴定蛋白质是蛋白质组学研究的首要的一步。我们以串联质谱的碰撞激发解离的反应机制为基础，运用统计学方法，计算了与解离相关的参数，包括氨基酸对解离的倾向性、肽键位置与解离的关系、中性丢失与氨基酸的关系。这种策略，既有利于清晰地区分多个复杂因素对串联质谱的影响，又能适应蛋白质组高通量的要求。之后，笔者提出用相对熵作为匹配肽段和串联质谱的评分函数。指出评分值服从极值分布，为定量估计评分结果的可信度提供了依据。并提出了蛋白质的双酶解的方法，结合自己的数据库搜索系统，鉴定了蛋白质的单点和双点突变。　　 近年来非编码的转录产物不断涌现，但是对非编码RNA的功能了解得比较少。以前我们实验室建立了线虫c.elegans的ncRNA文库。以此为基础，本文建立了适用于线虫的RNA干扰技术，通过沉默非编码RNA的基因来研究它们的功能。这项实验技术采取了两个不同的方法。其一是通过在细菌体内表达双链RNA，然后给线虫喂食细菌；另一个是通过体外转录合成双链RNA，然后采用浸泡的办法把双链RNA导入线虫体内。这项技术在作为阳性对照的编码基因上取得了成功，现阶段正在大规模试验非编码RNA基因的沉默。