近些年来，随着市场经济的快速发展，人们物质生活和精神生活水平的提高，人们对自然博物馆的要求也越来越高，博物馆是必须不断改变自己来适应环境变化，并有所发展，必须要分析和设计合适的组织结构保证战略的实施有效。目前我国绝大部分自然博物馆传统的三部一室(保管部、陈列部、群工部、办公室、)组织结构的最大缺点，是使馆藏、研究、陈列三脱离，强调了“分工”、“职责”，忽略了“结合”、“系列化”，无法适应新时期自然博物馆发展的需要，逐步陷入运营危机。本论文以陕西自然博物馆组织结构为研究对象及样本，收集整理了大量国内外典型博物馆组织结构资料，分析了目前陕西自然博物馆组织结构存在问题，采用对比分析方法，针对现阶段陕西自然博物馆的现状和发展阶段要求，运用组织管理理论，按照组织设计原则，确定了陕西自然博物馆组织结构设计的基本原则，结合影响陕西自然博物馆组织结构设计的信息化、知识管理、旅游管理等因素，分析了陕西自然博物馆主要工作流程与职能，提出建馆期和开馆运营期的陕西自然博物馆组织结构设计方案，并分别进行分析评价，认为陕西自然博物馆应根据不同发展阶段的工作重点，采用不同侧重的、体现博物馆专业化、信息化和服务化发展特点的组织结构方案。作为首家的按照企业化运营的国有大型自然博物馆，陕西自然博物馆组织结构的设计方案对陕西自然博物馆在市场经济条件下顺利实现发展目标，保证自身生存和健康发展有重大意义，同时对我国传统自然博物馆市场化变革有重大借鉴意义。