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疾病蛋白组学研究是目前蛋白质组学在应用研究方面最具前景的领域。它对探讨重大疾病的发生机制、诊断和新药开发提供重要的理论依据。 本论文的主要贡献在于:首次用蛋白组学的研究方法对新建立的动脉粥样硬化（AS）大鼠模型的主要病变组织:主动脉及心肌总蛋白作了详尽的研究。得到正常大鼠及AS大鼠主动脉及心肌蛋白的差异谱图。分析鉴定了差异蛋白对AS疾病形成中所表达的功能。泡沫细胞是动脉粥样硬化斑块内出现的特征性病理细胞,本工作在对AS差异蛋白研究的基础上,进一步研究了巨噬源性泡沫细胞的磷酸化蛋白谱图,初步阐明了所鉴定的磷酸化蛋白在AS病变细胞的形成和增殖中的机制。另外,本研究建立了一种分组提取人肝组织蛋白的研究平台,能提取到迄今为止的人肝组织中最多的蛋白并对提取的蛋白进行了质谱鉴定。最后,本文建立了凝胶分离后蛋白质溶液酶解的技术平台,该方法将肽段回收率提高到90%,并且由于此方法能很方便的与其它方法如免疫印迹相结合而有望成为翻译后修饰蛋白分析的实用平台。具体叙述如下。 （一）.冠心病（Coronary Heart Disease,CHD）全称为冠状动脉粥样硬化（Atherosclerosis,AS）性心脏病。由于其对人类的危害性大、死亡率高而被称为“人类的第一杀手”。目前人们普遍关注针对AS发病机制寻找有效的防治药物,但AS的病理机制仍未十分明确,传统的分子生物学手段难以对AS多种致病蛋白作出全面的分析。 为深入探讨AS的发病机制,本研究工作采用一次性腹腔注射维生素D3结合喂食高脂饲料诱发大鼠全身性AS病变,建立大鼠AS模型,并导致冠状动脉等器官性血管病变,为AS导致的器官性病变研究提供了可靠的病理模型。实验比较研究了正常大鼠和AS大鼠主动脉及心肌在蛋白质组学上的差异。采用双向凝胶电泳分离正常大鼠及AS大鼠主动脉及心肌总蛋白,胶态考马斯亮兰G-250染色,GS-800凝胶扫描仪获取凝胶图像,并用PDQUEST软件对图像进行分析。对于正常大鼠以及AS大鼠主动脉的双向凝胶图,检测出1878±100个蛋白质斑