蒙元时期,高昌畏兀儿亦都护家族是色目人中的一个非常显赫的家族,其家族从归附成吉思汗开始一直延续至元朝覆亡的末年,历8世左右,相伴于蒙元统治的始末。亦都护家族世系的继承情况反映了亦都护家族与蒙古统治者的微妙关系,火赤哈儿之后的亦都护继承情况较为复杂,这是由于西域政局和蒙古统治者的更替以及统治阶级争权夺利的斗争对其产生的影响所造成的。从侧面也反映了亦都护家族与蒙古统治者密不可分的关系。畏兀儿亦都护家族的发展延续与蒙元统治的政治形势紧密联系在一起。亦都护家族受西域政局的影响,逐步内迁。火州之战后,元廷在西域的统治岌岌可危,亦都护家族无法在西域立足,在哈密力短暂停留后随即迁入永昌堡。亦都护家族迁居永昌堡后,丧失了对畏兀儿地区的管理权与领导权。最终也宣告了元廷在畏兀儿地区实行的双层管理体制的失败。处于西北叛王和元廷争夺夹缝中的畏兀儿地区和人民包括亦都护家族遭受严重的战争创伤。畏兀儿亦都护家族为保卫元朝边疆做出了巨大的贡献,也付出了重大的代价。在元廷的支持下,亦都护及畏兀儿人民试图恢复对西域故地的统治但最终失败。后来西域为察合台后王所控制。亦都护家族内迁后参与元廷的政治统治中来,成为蒙古统治者倚重的重要家族之一。畏兀儿亦都护家族率先归附,宠异冠诸国。亦都护位列成吉思汗第五子。亦都护世尚公主,世为姻亲。与蒙古统治者建立了统治联盟关系。亦都护家族的命运与蒙古统治者的命运紧紧地联系在了一起。蒙古统治者给予他们高官厚禄以及各种荣誉地位,享有特殊的权力和优待。亦都护家族同样为蒙元的统治竭尽忠诚,誓死捍卫他们的统治地位。为保卫元廷边疆地区作出了突出贡献,在元末农民起义爆发后积极参与镇压农民起义军。为了他们的共同利益,亦都护家族付出了巨大的代价,即便如些,亦都护家族与蒙古人的统治联盟关系也没有瓦解。蒙古统治者这种过分倚重色目人而排斥汉人、南人的做法也导致了汉人、南人离心力的增加和反感,这也是导致蒙古人建立的政权国祚不长的原因之一。亦都护家族在入元后也表现出蒙古化和汉化的倾向,但都不甚显著。通过研究畏兀儿亦都护家族在蒙元时代的延续发展以及与蒙古统治者的关系,可以间接反映出色目人在蒙元时代的活动情况,亦都护家族与其他色目人家族有相同之处也有自己独特的特征。