由于原料资源优势、产业特点等原因，舟山市水产品加工产业群已初步形成。产业群是同类企业“扎堆”的现象，相同产业的企业、机构在区域内聚集，相互竞争又相互合作，形成了区域内的产业优势。区域创新体系由区域内相互分工与关联的企业、科研机构和高等院校、政府和中介机构等主体构成，其目的是支持并促生创新。产业群与区域创新体系存在良性互动关系，区域创新体系对产业群发展起推动作用，而产业群为区域技术创新提供了良好的基础和环境。建设区域创新体系，可推动舟山市水产品加工产业群技术创新，提高产业的区域竞争力。 作为特定产业群的区域创新体系，水产品加工产业群区域创新体系结构由企业技术创新系统、区域创新基础系统、区域创新环境和产业群区域发展战略、食品安全体系等五个部分组成，五个部分缺一不可，且只有各部分均处于健全状态下体系才能充分发挥作用。水产品加工产业群区域创新体系实际建构时可结合区域、产业发展现状，选择薄弱环节重点建设，舟山市水产品加工产业群区域创新体系建构重点为企业技术创新系统、产业群区域创新环境和食品安全体系。 作为技术创新的核心主体，企业的技术创新系统由创新意识及其培育系统、内部研究与开发系统、“产学研”结合的研发支撑体系、技术创新资金投入体系等四个部分组成，各部分同时处于健全的运行状态时企业技术创新系统才充分发挥作用。舟山市水产品加工企业技术创新活动还不活跃，企业技术创新系统建设正处在起步阶段。 区域创新环境是区域内主体进行技术创新所需要的条件，由基础设施环境、创新资源环境等硬环境部分，以及政策制度环境和社会文化环境等软环境部分组成。政府是区域创新环境的构建主体，舟山市政府部门在水产品加工产业群区域创新的软、硬环境建设中投入了大量的公共资源，但各构成部分发展不均衡。 由于事关公众的身体健康，食品安全具有公共性特征，食品安全体系保障水产品加工产业群技术创新的开展。食品安全体系的建构主体应由政府和企业共同承担。食品安全体系构成应包括标准体系、检测体系、监督管理体系及食品安全技术创新等四个部分。结合舟山市实际，检测体系和技术创新是当前舟山市水产品加工食品安全体系的建构重点。