生物多样性是人类生存与发展的基础,生物多样性研究与保护已成为当前世界性的热点问题之一。遗传多样性既是适应与进化的源泉,也是现实的与潜在的重要自然资源。因此,探讨遗传多样性具有重要的理论与实践价值。本研究以内蒙古高原、鄂尔多斯高原、阿拉善高原、黄土高原、青藏高原等地的8个短花针茅(Stipa breviflora)群体(每个群体30个样本)为研究对象,通过转录组测序、高通量测序数据分析,SNP位点识别、引物设计、PCR验证及体系优化等开发SNP标记。随后,利用所开发SNPs对8个短花针茅群体进行了遗传多样性和遗传结构分析。主要结果如下：1.构建了较完整的短花针茅转录组数据集。短花针茅8个样本共产出60111.6112万条平均长度为150 bp raw reads,共得到55156.9834万条clean reads。高质量碱基数为8273547.5100万个,约占总测序数据量的91.76%,平均GC含量为54.54%；得到平均长度为1235 bp的178901条Unigenes,共有128777条Unigenes得到功能注释结果；共识别出493411个SNP位点,其中转换为321887个,颠换为171524个,转换约为颠换的2倍。2.设计了26对SNP引物,确定了SNP-PCR反应体系(25μL):30ng/μL模板DNA1μL,10 μM上下游引物各0.5 μL, Premix TaqTM 12.5μL, ddH2O 10.5μL。反应程序为：94℃预变性3 min,94℃变性30s,退火和延伸,循环35次,最后72℃终延伸10 min,4℃保存；经过常规测序,最终筛选出7对短花针茅的SNP引物,包含可用于遗传多样性分析的位点56个3.短花针茅具有中等偏低水平的遗传多样性。在物种水平上,期望杂合度是0.1308,Nei氏遗传距离为0.1306,遗传变异主要发生在群体内部(91.49%)；在群体水平上,期望杂合度为0.122；短花针茅基因流为2.504,表明群体间具有较充分的基因交流。4.短花针茅群体间遗传距离和地理距离具有显著正相关关系。8个短花针茅群体可分为4组,组间的遗传变异所占比例相对较少。本研究为进一步剖析短花针茅遗传多样性、遗传结构及种群动态变化奠定了基础数据。