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新生动物肠道发育尚未健全,免疫功能低下,面对外界环境的变化和病原体的感染时,会引起消化道功能紊乱,常伴随着肠道微生态的失衡和肠屏障功能的破坏,最常见的就是腹泻。尽管现在已有诸多措施在控制腹泻方面取得了显著性的进展,但是腹泻仍然是高发疾病,严重者,会导致死亡。本实验以2周龄断奶仔猪为模型,随机挑选同栏的健康仔猪10只,腹泻仔猪若干,用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行引起仔猪腹泻常见病毒的检测,结合高通量测序的结果,进行分组,分为:健康仔猪(Control组);病毒表观型腹泻组(Porcine epidemic diarrhea virus-infected groups,PED-V组);细菌表观型腹泻组(Porcine epidemic diarrhea bacteria-infected groups,PED-B组)。探讨断奶后,不同生理状态下,仔猪肠道菌群结构、微生物之间的相互作用的变化及短链脂肪酸的代谢水平;分析肠粘膜形态的变化及肠道紧密连接蛋白ZO-1、Occludin、Claudin-1和JAM1的表达情况。结果:在菌群α多样性方面,腹泻仔猪PED-V组和PED-B组肠道细菌的丰富度,相比于Control组都有降低,其中PED-B组的降低具有显著性(P<0.05)。在纲分类水平上,Control组的优势菌群为梭菌纲(Clostridia)占比53%、拟杆菌纲(Bacteroidia)20%和杆菌(Bacilli)15%,PED-V组的优势菌群为梭菌纲(Clostridia)占比55%、杆菌(Bacteroidia)17%和拟杆菌纲(Bacilli)14%;PED-B组的优势菌群为梭菌纲25%、E-变形菌(Epsilonproteobacteria)24%、拟杆菌纲18%和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)17%。在属分类水平上,相比于Control组,PED-V组的毛螺菌科(Lachnospiraceae)的丰度显著性降低,巨型球菌属(Megasphaera)的丰度显著性升高(P<0.05);PED-B组的弯曲杆菌(Campylobacter)、肠杆菌(Enterobacteriaceae)和普氏菌属(Prevotella)的丰度显著升高(P<0.05),毛螺菌科、巨型球菌属和乳酸菌(Lactobacillus)的丰度显著降低(P<0.05)。结果显示,有无腹泻及感染病原体情况的不同会影响断奶仔猪肠道菌落的组成和两个具有不同功能的微生物种群之间的互作。在PED-V组和PED-B组网络中的连接器和模块枢纽的数量远小于Control组网络中的数目。腹泻会使PED-B组短链脂肪酸乙酸、丙酸、丁酸水平显著降低,并使PED-V组和PED-B组结肠内容物pH值升高。腹泻还会加深结肠隐窝深度,与Control组相比,腹泻组PED-V组和PED-B组紧密连接蛋白ZO-1、Occludin和Claudin-1的表达都显著降低(P<0.05)。结论:PED-V组微生物细菌的组成与Control组具有较大的相似性,而PED-B组微生物细菌的组成则与Control组具有较大的差异性;病毒、细菌表观型腹泻都会引起肠道微生物菌群功能的紊乱;病毒、细菌表观型腹泻都会造成肠粘膜屏障的损伤。