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大豆灰斑病(Cercospora sojina Hara)是大豆生产区常发生的通过空气传播的真菌性病害。病害发生对大豆的经济产量影响很大。合理选育和种植抗病品种是大豆灰斑病综合防治中最有效、最经济的措施。对大豆资源进行抗病性鉴定，旨在发现优异抗病资源并发挖掘抗病基因优异等位变异，以实现优势资源抗病基因聚合。 本研究以96个不同区域不同时期审定的大豆品种和68个野生大豆资源为试验材料，接种大豆灰斑病菌1号生理小种，建立一个非结构性和无亲缘关系的自然群体，进行抗性鉴定，并用178个SSR标记对164份大豆材料进行基因组扫描，采用STRUCTURE2.2对大豆群体进行群体结构分析，利用TASSEL软件的GLM方法对SSR标记和灰斑病1号生理小种的抗性进行关联分析，在P＜0.05时，可认为标记与性状的关联显著，参考Breseghello等提出的无效等位变异(null allele)方法，计算等位变异的表型效应，发掘优异等位变异和相应的载体材料。主要结论如下: 1、大豆育成品种资源鉴定结果:在96份育成品种中，鉴定出抗病品种16种，占供试验品种的16.67％;鉴定出中抗品种54种，占供试验品种的56.25％;鉴定出感病品种26种，占供试验品种的27.08％。 2、野生大豆资源鉴定结果:在68份野生大豆资源中，鉴定出抗性资源16份，占参加试验资源的23.53％;鉴定出中抗资源31份，占供试验资源的45.59％;鉴定出感病资源21种，占供试验资源的30.88％。 3、用STRUCTURE2.2对大豆群体进行结构分析，将164份大豆材料分为7个亚群，野生品种和育成品种血缘间相互独立;育成品种之间血缘相互融合，野生品种间血缘也不同程度相互融合。 4、共检测到5个与抗性性状相关联的SSR分子标记，分别位于4、6、11、13和19号染色体上，引物分别为AW277661、satt363、satt430、satt656、satt652，其中贡献率最高的是satt363，值为59.71％。 5、对5个SSR位点进行抗灰斑病1号生理小种抗病性等位变异的表型效应值分析，对抗性有增效作用的等位变异有28个，其中satt430效应值最大的是satt430-193，值为6.1714.09，典型载体材料九丰4号;AW277661效应值最大的是AW277661-177，值为10.59，典型载体材料野生大豆12C6277;satt363效应值最大的是satt363-214，值为7.33，典型载体材料野生大豆12NC1804;satt656效应值最大的是satt656-241，值为14.09，典型载体材料野生大豆12C8592;satt652效应值最大的是satt652-187，值为7.12，典型载体材料野生大豆12C6277。