随着农业现代化进程的加快,传统的小农生产与大市场之间的矛盾愈发凸显,“农户—农产品集散市场—零售商—消费者”这种传统供应链模式已经难以满足消费者对农产品种类、质量等方面的个性化需求,也难以保证分散的小农户获得供应链上合理的收益分配。根据供应链核心组织演化漂移规律可知,在多重背景的驱动下,农民合作社主导的农产品供应链是适应农业现代化发展的产物。在主营特色农产品的供应链上,农民合作社掌握供应链中瓶颈原材料、核心技术或客户等核心资源,能够决定供应链整体的核心竞争优势,从而占据供应链上的主导地位。农民合作社主导的农产品供应链的稳定运行对于保证农产品市场供应,促进农民增收和助力乡村振兴具有重要意义。但是当前农民合作社主导的农产品供应链数量较少,一旦遭到扰动因素的影响,供应链则运行不稳定,容易发生断裂,使得供应链难以充分发挥其价值。供应链是否能够稳定运行不是由某个因素单独作用所决定,而是该系统内多个因素动态变化的结果。目前农民合作社主导的农产品供应链相关学术成果较少,缺少对该类型供应链系统的理论分析与实证研究。农民合作社主导的农产品供应链的运行特征是什么?是哪些因素导致了供应链系统的不稳定?供应链系统的优化路径是什么?本文瞄准农民合作社主导的农产品供应链进行系统构建,旨在从协同合作和收益协调两方面优化供应链系统,为供应链相关主体的行为与决策提供参考依据。本研究按照供应链“形成—发展—稳定”的规律,首先从农民合作社主导的农产品供应链现状出发,采用案例分析和扎根理论的研究方法对农民合作社主导的农产品供应链的特征及存在问题进行梳理;其次,探究农民合作社主导的农产品供应链系统构建,从供应链系统稳定性的含义出发,运用结构方程模型确定农民合作社主导的农产品供应链系统稳定性的影响因素及其之间的路径系数,进而从匹配性、互动性和共赢性三个维度建立供应链系统模型并进行仿真模拟,深入分析农民合作社主导的农产品供应链系统内构成要素之间的相互关系并且验证供应链运行中合作关系松散和收益分配不合理对于供应链系统稳定性的影响;然后,在考虑奖惩措施和“搭便车”行为的前提下,构建了农民合作社、加工企业和销售企业的三方演化博弈模型,从供应链上主体策略选择及影响其策略选择的具体因素着手研究供应链协同合作机制;最后,构建分散决策和集中决策两种模式下的农产品动态定价模型,通过数值算例讨论主要参数对供应链整体利润的影响,并设计收益共享协调契约,探究如何进行农产品定价以及如何通过收益分享比例的设定实现供应链整体收益和节点组织间收益的协调;最终根据上述研究,提出农民合作社主导的农产品供应链系统优化的具体路径。本文研究结果如下:（1）从理论分析和现实情况来看,农民合作社主导的农产品供应链是未来的发展趋势,具有其出现的必然性和可行性。农民合作社主导的农产品供应链对于促进农民增收、保障农产品质量、推动农业现代化和农产品供应链健康发展具有重要意义。（2）农民合作社主导的农产品供应链还处于发展初期,属于主营特色农产品的响应型供应链。供应链上的节点组织包括农民合作社、加工企业和销售企业。各个节点组织呈现出不同的特征,体现在规模、能力和资源禀赋等方面。节点组织间关系特征体现在伙伴选择、合约时长、违约问题、监督机制、合作关系和竞争关系六个方面。（3）农民合作社主导的农产品供应链是一个复杂的系统,供应链系统稳定性受到系统内多个要素的共同影响。系统外部环境推动对系统稳定性具有正向影响。供应链系统分为匹配性、互动性和共赢性三个子系统,从三个子系统发展趋势来看,互动性和共赢性在中后期呈现显著下降的趋势,这是导致供应链系统稳定性在中后期下降的主要原因。根据互动性模块和共赢性模块的要素特征可以得知接下来要解决的问题是如何促进供应链上节点组织协同合作和收益协调来规避供应链系统稳定性的下降,进一步优化农民合作社主导的农产品供应链系统。（4）农民合作社实施严格监管策略,增大奖惩力度有利于促进加工企业和销售企业进行协同合作,但是监管成本的增加不利于农民合作社自身的收益,因此农民合作社会倾向于宽松监管策略。额外收益的增加、奖惩力度的加大和协同系数的提升会提高系统演化到帕累托最优的概率,加快实现农民合作社主导的农产品供应链全面协同合作。合作成本和“搭便车”收益的增加会降低实现全面协同合作的概率。（5）供应链上节点组织之间的收益冲突主要反映在农产品的定价上。在集中决策下进行农产品定价,并且设置收益共享契约,有利于实现供应链上各节点组织的帕累托改进。收益分享比例与农产品特色化度、下游企业的采购价格和特色农产品市场需求量有关。农民合作社生产的农产品特色化程度越高,则收益分享比例越高,农民合作社会分享到更多供应链上的收益。（6）从促进农民合作社主导的农产品供应链形成和保障其稳定运行两方面提出推进供应链系统优化的具体路径。一是依托特色农产品,强化农民合作社主导能力;二是完善供应链信任机制,提高节点组织间信任程度;三是多主体多环节协同,增强供应链系统互动性;四是强调共赢和公平的理念,提升供应链系统共赢性。相较于以往研究,本文的创新之处主要体现在三个方面:在学术视角上,从农民合作社作为供应链核心组织的视角出发,着重研究农民合作社主导的“农民合作社+加工企业+销售企业”三级农产品供应链;在研究内容上,基于多个经济学与管理学的经典理论,综合构建了“系统认识—系统构建—系统优化”的分析框架,同时,将管理科学与工程的思维应用到农业经济的研究领域,使农民合作社与农产品供应链发展问题有机结合,丰富了相关领域的研究内容,并且为农民合作社主导的农产品供应链系统稳定运行提供理论指导与实践依据;在研究方法上,结构方程模型与系统动力学方法相结合,更为全面准确地呈现出农民合作社主导的农产品供应链系统内要素关系以及实际运行的动态演进规律;通过构建农民合作社、加工企业和销售企业的三方演化博弈模型,从动态分析的角度探讨三方协同合作的稳定性;将“农产品特色化度”纳入需求函数中进行考量,运用Stackelberg博弈模型研究农产品定价策略,进而优化农产品供应链内部收益分配机制。