当前我国已进入加快改造传统农业、走中国特色农业现代化道路的关键时期，2012年中央一号文件提出“完善农业科技创新机制，打破部门、区域、学科界限，有效整合科技资源，建立协同创新机制”的战略部署，农业科技协同创新已成为落实党的十八大精神和2013年中央一号文件“加快发展现代农业”的重要内容和战略举措。而西部地区是“老、少、边、贫”的集中分布区，自然条件复杂，不仅有牧区半牧区县、民族县、陆地边境县、两面生产大县，而且还有黄土高原县、丘陵县、山区县。地形地貌多样，农业产业各具特色，科技资源基础薄弱，农民科技素质落后，农业生产方式板块化等诸多问题阻碍了农业科技创新要素的流动，也影响了西部农业生产主体之间的协作，决定了我国农业科技协同创新的重点和难点在西部。因此，应对机遇与挑战，研究如何提升西部农业科技协同创新能力成为当前亟需探讨和研究的重要理论问题和现实问题。　　本研究基于系统论和协同理论区分和界定了西部地区11省市影响农业科技协同创新系统的序参量和控制参量，以及分析农业科技创新当中的各个子系统组成的主体和总系统;再提炼国内外典型的农业科技协同创新的经验，提升我国西部农业科技协同创新的具体做法。再利用数据包络方法对11个农业科技协同创新的相关评价指标进行评价，根据评价结果分析各个省市组成的区域农业创新系统的投入产出效率，进行相互比较和分析，再经过对1998-2010年的数据进行回归分析，证明科技协同创新机制在深入的过程中是否与科技成果的增加呈正相关。在此基础上结合现状分析对西部区域农业科技创新协同能力进行分析，指出其制约的问题所在，并相应提出对策建议。这些建议包括:改革农业科技体制，推动农业科技系统创新活力;促进技术产出和产品产出的双向融合;注重农业科技产学研合作形式;强调农业企业在其中的主体地位和作用。