黄脊竹蝗转录组分析及其低温压力适应的分子机制探讨

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蝗虫在我国的分布范围很广泛,可以是温度很低的青藏高原,或者是温度较高的平原。黄脊竹蝗Ceracris kiangsu是1种在中国南方广泛分布的害虫,但是关于黄脊竹蝗对温度的适应机制至今仍不清楚。迄今还没有关于竹蝗属低温压力适应的相关研究报道。因此,为了得到更多的数据来分析竹蝗对低温压力的适应机制,我们对黄脊竹蝗的转录组进行了高通量测序。本研究得到如下结果和结论:。1)实验结果显示,通过对黄脊竹蝗的高通量测序我们一共获得了 129,314,084个原始的reads,质控后可以保留122,614,958个reads,通过组装拼接后得到39,013个可变剪接体,并且可变剪接体的平均长度是987.221bp,这其中有19,768(50.67%)个基因可以在Nr数据库中比对出来并且加以注释,且对其中11,412个基因进行了 GO功能分类,生物过程(Biological process,GO:0008150)这一组分占了主要部分,占了全部的4 43%,细胞组成(Cellular component,G0:0005575)占了 30.450%,而分子功能(Molecular function,GO:0003674)占了 26.550%。从该转录组数据库中,通过比对检索等方法共获得了 22个Hsp家族基因,这些基因分布在Hsp70、Hsp90、Hsp20、Hsp20.5、Hsp20.6和Hsp20.7这6个热激蛋白基因家族中。经统计,8,354个基因有着相应的KEGG代谢通路,共发现了 291条代谢通路,其中有11条代谢通路仅含有1个基因序列,其余的代谢通路都含有2个或者2个以上的基因序列,并且最多可以达到2,066个,经过研究发现主要代谢通路是负责催化活性的。2)在研究常温组和低温实验组中基因表达差异的分析时发现,黄脊竹蝗被低温处理后,与应激相关的基因和ATP合成相关的基因出现了明显的上调,这主要是因为合成相关的Hsp基因需要消耗一定的ATP来提供能量。然而,与细胞代谢水平相关的具有催化活性的酶类表达出现了明显的下调,这主要是因为低温环境下,蝗虫通过降低生命活动来维持生命,而且有研究表明,Hsp大量的合成会导致其他正常生命活动所需要的蛋白质合成降低。在黄脊竹蝗被发现的Hsp家族基因中,Hsp70和Hsp90表现出了明显的表达上调,表明Hsp70和Hsp90家族基因是蝗虫应对低温压力的重要分子适应机制.此外,还有一些小Hsp家族基因有着一定的表达上调。3)通过对热激蛋白家族基因进化树分析得出,Hsp70和Hsp90家族基因与小Hsp家族基因相比更为原始,而且Hsp70和Hsp90家族基因和小Hsp基因之间的亲缘关系是相当远的。4)通过对Hsp90家族基因进化树分析得出,Hsp90-1基因和Hsp90-2基因是从更为原始的Hsp90-3基因中分化而来的,Hsp90-1基因和Hsp90-2基因的进化关系更接近,而Hsp90-3基因则更为原始,基因家族的进化关系和基因功能具有协同性,也就是说,进化关系很接近的Hsp90同源基因,在应对低温压力时也会表现出来相同的分子作用。
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