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岛屿常被生态学家和进化生物学家视为研究生物进化的“天然实验室”。黄毛鼠(Rattus lossea)又名罗赛鼠,隶属于啮齿目(Rodentia),鼠科(Muridae),大鼠属(Rattus)。本研究利用微卫星(SSR)和线粒体(mtDNAD-loop)两种分子标记技术,研究了舟山群岛(大猫、小猫、刺山、大摘箬山、小摘箬山、桃花岛、六横岛、小盘峙岛)黄毛鼠种群的遗传变异,主要得出以下结果及结论:1.利用微卫星引物侧翼序列具有保守性的特点,跨物种筛选微卫星引物是一种快速、有效的方法。本研究选取63个大鼠、小鼠已知的微卫星位点对黄毛鼠的基因组DNA进行扩增,筛选适合黄毛鼠的多态性位点。研究结果显示,63对微卫星引物,其中17对引物能够稳定扩增,8对引物的多态信息含量值(PIC)均大于0.5,为高度多态性引物。研究筛选到的微卫星位点可用于黄毛鼠的种群遗传学相关研究。2.八对微卫星引物共扩增出114个等位基因,平均等位基因数为8.5±0.4881(7.5000～9.2500),平均有效等位基因数为 5.2981±0.3576(4.8001～5.9017),平均观察杂合度为0.9546土0.0154(0.9286～0.9769),平均期望杂合度为0.8088±0.0165(0.7877～0.8333),平均多态信息含量为 0.7708±0.0225(0.7398～0.8055),表现出较丰富的遗传多样性,其中刺山岛和六横岛遗传多样性最高,小摘箬山岛和小猫岛遗传多样性最低。黄毛鼠种群间的遗传分化指数平均值为0.0510(0.0219-0.1087),总体处于中等分化水平;黄毛鼠种群内的遗传变异所占的比例最大为94.90%,而不同种群间的遗传变异为5.10%,黄毛鼠的核基因变异主要来源于种群内。3.根据330条815 bp的D-loop基因序列核苷酸组成分析结果显示A,T,C,G含量分别为32.9%,29.0%,25.1%,13.0%,A+T所占比例明显大于G+C,具有明显的碱基组成偏倚性。8个黄毛鼠种群的基因位点中,共检测出14个变异位点,其中转换位点7个,颠换位点3个,插入/缺失位点占4个,没有发现既有转换又有颠换的位点。MtDNAD-loop序列多态位点数为0～11个,单倍型数量为1～6个,单倍型多样性范围为0～0.6411,核苷酸多样性范围为0～0.0024。其中小猫岛和小摘箬山岛未发生变异位点,遗传多样性最低;刺山岛和大猫岛的变异位点均由插入/缺失造成,遗传多样性较低;大摘箬山岛和桃花岛的遗传多样性最高。黄毛鼠群体间的遗传分化指数平均值为0.7450(0.1389～1.0000),总体处于非常高的分化水平。其中小摘箬山与小盘峙的黄毛鼠种群呈中度分化,其余岛屿间均呈高度分化;黄毛鼠mtDNAD-loop序列变异揭示,不同种群间遗传变异占74.50%,而来自种群内的变异占25.50%,黄毛鼠D-loop序列的变异主要来源于种群间。系统发育和网络关系分析表明,舟山群岛8个岛屿的黄毛鼠种群可能具有两个母系起源,刺山、大猫、小猫、小摘箬山、大摘箬山和小盘峙6个岛屿的黄毛鼠为同一起源,六横和桃花2个岛屿的黄毛鼠起源于另一支母系。4.综合对微卫星数据的瓶颈效应分析和D-loop序列变异,除大摘箬山岛和小盘峙岛的黄毛鼠种群之外,其它6个岛屿的黄毛鼠种群近期均经历了不同程度的瓶颈期。