我国是世界上生物多样性最丰富的国家之一，同时也是世界上人口最多的国家，国民经济建设的高速发展对自然资源的开发和环境的压力呈日益加剧的趋势。“经济增长的资源环境代价过大”已成为当前我国前进中面临的困难和问题之一，为此，党的十七大提出深入贯彻科学发展观，坚持生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展之路，建设资源节约型、环境友好型社会，使人民在良好生态环境中生产生活，实现经济社会永续发展。　　通过建立保护区来保护生态和生物多样性是目前世界各国普遍采用的一种手段，并基于此形成了各国各具特色的保护区制度。国内的实践也证明建立自然保护区是开展生物多样性和自然遗产就地保护最为经济有效的途径。我国现有最洁净的自然环境、最珍贵的自然遗产、最优美的自然景观、最丰富的生物多样性、最关键的生态平衡要素，都保存在自然保护区中。保护区制度对于落实科学发展观、建设生态文明、维护生态平衡、改善人民生活，实现人与自然和谐、促进社会经济发展具有重要意义。　　保护区建设是一种公益活动，是政府为了国家社会经济的长远发展而采取的行动，也是负责任国家对国际社会的一种贡献和义务。当前，一个国家的保护区面积和管理水平已经成为衡量一个国家的文化、科学和经济发展水平的标志，许多发达国家保护区面积达到国土总面积的10％-20％，一般也有3％-5％。我国目前已占国土面积的15％。海洋保护区建设是我国海洋生态和生物多样性保护的重要手段，是全国生态保护不可忽视的重要组成部分。在我国，海洋保护区建设的关键在于健全海洋保护区管理制度，进一步提升保护区管理成效。　　国际社会也十分关注海洋生态的保护，1992年联合国环境与发展会议确认海洋是地球生命支持系统;1995年生物多样性公约缔约国会议通过的《雅加达法令》(Jakarta Mandate)，确定海洋保护区和海岸带综合管理是生物多样性保护的两大手段;2002开始的联合国“千年生态系统评估”项目把海岸带、海洋、极地和海岛列为重要领域，强调海洋生境、海洋生态系统的保护和管理。2004年美国总统批准的《美国海洋行动计划》把海洋保护区建设作为海洋生态保护的重大措施。　　本文的研究对象是海洋保护区。从广义上讲，任何一个海洋生境只要其中的人类活动得到管理则可称为海洋保护区，但本文所研究主要的是在现行《中华人民共和国自然保护区条例》框架下的海洋自然保护区，即“指以海洋自然环境和资源保护等为目的，依法把包括保护对象在内的一定面积的海岸、河口、岛屿、湿地或海域划分出来，进行特殊保护和管理的区域。”　　本文的研究目的是使包括政府在内的社会各界充分认识到当前我国的海洋生态环境形势不容乐观，海洋保护区是实践证明当前保护海洋生物多样性和海洋生产力的重要手段，但面对海洋保护区管理中出现的新情况、新问题，原有的制度已经不能适应管理需要。海洋保护区是人们为满足自身发展需要，针对海洋生态环境这一客观事物实施的公共管理，这种管理应是生态系统管理和公共管理的有机结合，而原有的制度却由于种种局限没有充分考虑到此二者，因此海洋保护区的制度建设也必须与时俱进地予以调整和健全。　　本文以可持续发展战略为基本，以健全海洋保护区制度为目标，按照发现、分析和解决问题的路径展开。从分析海洋生态严峻形势、海洋保护区作用出发，阐述海洋保护区建设必要性;同时采用实证研究的方法，分析提出了海洋保护区制度及其实施中面临的，诸如开发与保护的矛盾、现行法规制度不适应性，财政投入机制不健全等困难和冲突，以及制度不健全的表现;着重运用了公共政策与制度分析理论(IAPP)论述了海洋保护区的公共物品属性，政府干预的必要性，得出了保护区制度建设应树立公共治理的理念;分析论述了我国海洋生态环境的特点，得出保护区制度设计应体现生态系统管理的理念，并总结提出健全海洋保护区管理应坚持法治原则，尽快出台我国关于保护区的法律这一对策措施，并给出了具体制度更新和完善的立法建议。