以高校合并、内部管理体制改革、国家“211工程”重点建设及创建世界一流大学目标的提出为例，阐述了部分研究型大学校级行政机构与岗位设置的改革。针对这些现状和改革，从设置的理论依据、改革观念、机构与岗位数量、职责、汇报关系等方面分析了我国研究型大学校级行政机构与岗位设置的弊端。有比较才有鉴别，美国研究型大学校长岗位职责、选聘方式、副校长间分工、地位等级、部分行政机构设置及服务性人员配置等都值得我们借鉴吸收。 组织机构是权力运作的载体，合理的机构与岗位设置受大学的行政管理体制、现代大学制度、经济、技术环境、大学的功能与使命等因素影响，也涉及到权力的分配、权限的划分、组织结构形式、管理幅度与层次、人员配置等一系列的问题，因此需要这些高等教育学、管理学、行政学等多学科的理论支持和指导。并提出了我国研究型大学校级行政机构与岗位设置的一些可操作性思考，包括转变观念，增加必要机构设置、扩大原有机构的职能，规范行政岗位设置、明确机构与岗位设置程序及明确机构设置的数量范围，增加技术、服务人员比例。